Une épidémie d’infection respiratoire au coronavirus OC en Normandie, France

Les groupes de coronavirus humains HCoV représentés par les souches prototypes HCoV E et HCoV OC sont principalement connus comme virus responsables du syndrome du rhume commun Les HCoV sont difficiles à détecter, et les données épidémiologiques sont rares D’octobre à avril, nous avons testé des échantillons respiratoires pour HCoV De février à mars, HCoV OC a été détecté dans des échantillons provenant de% des patients. Les autres virus détectés étaient le virus respiratoire syncytial%, le virus parainfluenza%, le virus grippal A%, le virus grippal B%, le rhinovirus%, l’entérovirus% Les symptômes cliniques suivants ont été observés: fièvre chez% des patients, symptômes généraux en%, problèmes digestifs en%, rhinite en%, pharyngite en%, laryngite en% , une otite en%, une bronchite en%, une bronchiolite en% et une pneumonie en% Cette étude montre qu’une épidémie d’infection respiratoire par HCoV OC était responsable pour les symptômes des voies respiratoires inférieures observés chez près d’un tiers des patients identifiés par une surveillance active de l’infection par le coronavirus

Les agents les plus fréquemment impliqués dans les infections virales des voies respiratoires supérieures sont les rhinovirus humains et les coronavirus humains HCoV En plus d’être associés au syndrome du rhume, les HCoV sont également associés à des infections respiratoires plus sévères Les HCoV sont divisés en les groupes antigéniques, dont chacun est représenté par un virus prototype: HCoV E et HCoV OC Les résultats des enquêtes épidémiologiques menées dans les s ont permis de conclure que ces virus sont distribués dans le monde entier et circulent durant les épidémies saisonnières Ceci est probablement dû aux difficultés de détection des coronavirus par l’isolement de culture, la recherche d’antigènes intracellulaires ou de méthodes sérologiques. Nous avons donc développé des techniques moléculaires pour diagnostiquer les infections à coronavirus. L’étude de surveillance vise à décrire une éclosion de HCoV OC fection en Normandie, France, en février et mars

Patients, matériaux et méthodes

Echantillons et patients D’octobre à avril, des échantillons respiratoires ont été reçus au CHU de Caen, en France. Tous ces échantillons ont été testés pour la présence des virus influenza A et B; virus respiratoire syncytial RSV; les types de virus parainfluenza,, et; adénovirus; le rhinovirus; l’enterovirus; et HCoVs E et OC Aucun coronavirus n’a été détecté avant février ou après mars Ainsi, l’analyse ultérieure a inclus les prélèvements respiratoires obtenus en février et mars. Ces échantillons ont été prélevés chez des patients hospitalisés au CHU de Caen [%] Normandie, France; [%] des patients pour lesquels des échantillons ont été prélevés par des praticiens du Groupe Régional d’Observation de la Grippe GROG, le réseau de surveillance de la grippe en Basse-Normandie [%] de Méthodes de laboratoire de détection des virus Les méthodes conventionnelles utilisées pour les spécimens frais, on peut citer: la technique d’isolement du virus VIT avec des cellules MRC et MDCK, avec utilisation des procédures rapportées ailleurs; Les techniques moléculaires pour détecter les rhinovirus, les entérovirus et les coronavirus dans des échantillons congelés ont été réalisées en utilisant des procédures précédemment rapportées [, ] et les précautions habituelles pour éviter la contamination par les produits de PCR En résumé, les amorces et sondes utilisées pour les HCoV E et OC ont été sélectionnées à partir des séquences rapportées du gène M RT-PCR a été réalisée avec le DNA Immunoassay enzymatique GEN-ETI-K DEIA; Sorin Le test a été effectué selon les recommandations du fabricant. Tous les résultats limites ont été testés en utilisant une seconde technique moléculaire avec des amorces et des sondes situées dans un autre gène N, afin d’exclure la contamination possible des produits amplifiés. Genopole / ESGS séquencé et comparé à la souche prototype OC EACC no et la souche référencée dans GenBank numéro d’accès MA arbre phylogénétique a été construit en utilisant la méthode ClustalExamen des dossiers médicaux Toutes les données médicales pour les patients avec une infection enregistrée HCoV OC ont été examinées rétrospectivement Nous avons cherché les symptômes suivants: fièvre, symptômes généraux tels que myalgie et céphalée, douleurs abdominales, vomissements, diarrhée et symptômes respiratoires Nous avons utilisé le diagnostic final établi par le médecin Tous les résultats des tests bactériologiques ont été étudiés pour identifier toute infection mixte possible

Résultats

Un virus a été détecté dans% des échantillons évalués en février et mars, comme suit: VRS, dans les échantillons%; virus parainfluenza, en%; virus de la grippe A, en%; virus de la grippe B, en%; rhinovirus, en%; entérovirus, en%; adénovirus, en%; et HCoV OC, en% types de virus Parainfluenza et et HCoV E n’ont pas été détectés Il y avait des échantillons d’aspiration nasale et un échantillon d’aspiration bronchique qui ont été testés positifs pour HCoV OC Des échantillons respiratoires testés positifs pour HCoV OC, il y avait des tests positifs pour adénovirus les résultats de l’IFA étaient négatifs, et les résultats de VIT étaient positifs Ceci est cohérent avec un rôle secondaire pour l’adénovirus dans la causalité de la maladie concomitante

Tableau View largeDownload slideVirus détectés dans des échantillons respiratoires reçus au Laboratoire de Virologie Humaine et Moléculaire, Hôpital Universitaire, Caen, France, Février et Mars Tableau View largeTélécharger slideVirus détectés dans des échantillons respiratoires reçus au Laboratoire de Virologie Humaine et Moléculaire, CHU de Caen , France, février et mars Parmi les échantillons respiratoires dans lesquels nous avons détecté HCoV OC dans le gène M, nous avons également détecté HCoV OC dans le gène N de ces échantillons; Cependant, nous avons déjà montré que les sensibilités analytiques de ces techniques moléculaires pour la détection de HCoV OC dans les gènes M et N étaient & lt; TCID / mL et TCID / mL, respectivement La séquence nucléotidique de la souche prototype HCoV OC utilisée comme témoin a été comparée avec la séquence de HCoV OC référencée dans GenBank. L’homologie de la séquence nucléotidique était de%. Cela montre qu’il n’y a pas eu de contamination croisée en laboratoire de produits amplifiés dans le gène M de HCoV OC.

Figure Vue largeDisque phonétique des isolats respiratoires du coronavirus humain OC et de la souche prototype OC utilisée comme témoin dans notre laboratoire L’arbre a été créé en utilisant la méthode Clustal La souche OC et la souche référencée dans le numéro d’enregistrement GenBank M ne diffèrent pas Les isolats a eu plusieurs changements et regroupés en différents groupes, se conformant à ce qu’il n’y avait pas de contamination des produits de PCRFigure View largeTélécharger diapositiveArthylogénétique des isolats respiratoires du coronavirus humain OC et le prototype de souche OC utilisé comme contrôle dans notre laboratoire L’arbre a été créé en utilisant le Clustal Méthode La souche OC et la souche référencée dans le numéro d’enregistrement GenBank M ne diffèrent pas. Les isolats ont subi plusieurs changements et ont été regroupés en différents groupes, ce qui indique qu’il n’y a pas eu de contamination des produits PCR. années%, années – années%, patients âge – années% et patients âgés & gt; années% Les échantillons respiratoires HCoV OC-positifs ont été obtenus chez des patients âgés de & lt; La répartition selon l’âge des patients chez lesquels HCoV OC a été détecté était identique à la distribution par âge de la population échantillonnée. Les origines des échantillons respiratoires positifs pour HCoV OC étaient les suivantes: :% des enfants ont été opérés, ⩽ ans hospitalisés à l’hôpital de Flers,% ont été retrouvés chez des enfants et des adultes dont les échantillons ont été fournis au réseau de surveillance de la grippe GROG,% ont été récupérés chez des enfants âgés de Les patients hospitalisés dans le service de pédiatrie de l’Hôpital Universitaire de Caen et le% ont été hospitalisés à l’Hôpital Universitaire de Caen. Nous avons examiné les rapports médicaux des patients avec des échantillons HCoV OC positifs. les voies respiratoires supérieures et inférieures pourraient être infectées. Les symptômes suivants ont été observés: fièvre, en% des patients; symptômes généraux, c.-à-d. maux de tête, anorexie et myalgie, en%; problèmes digestifs, c.-à-d. vomissements, diarrhée et douleurs abdominales, en%; rhinite, en%; pharyngite, en%; laryngite, en%; et otite, en% Dans l’ensemble, près d’un tiers des patients avaient une infection des voies respiratoires inférieures, comme suit: bronchite, en% des patients; bronchiolite, en%; et pneumonie, en% chiffre Les patients atteints de pneumonie étaient dans un état médical médiocre: l’un était âgé de plusieurs années et l’autre était un receveur d’une greffe cardiaque. Il n’y avait pas d’infections bactériennes associées chez les patients infectés par HCoV OC

Figure Vue largeDownload slideDonnées cliniques pour les patients positifs pour le coronavirus humain par hybridation RT-PCR, février et mars, Basse-Normandie, France Gen, général; pb, problemsFigure View largeDownload slideDonnées cliniques pour les patients testés positifs pour le coronavirus humain OC par hybridation RT-PCR, février et mars, Basse-Normandie, France Gen, général; pb, problèmes

Discussion

À la fin de la saison hivernale, lorsque les infections par le VRS, la grippe A et B et les rhinovirus étaient toujours prévalentes, l’infection à HCoV OC a été diagnostiquée par des techniques moléculaires chez des patients atteints de maladies respiratoires aiguës – autant que chez les virus grippaux , RSV, ou rhinovirus Ainsi, la détection systématique de HCoV dans les échantillons respiratoires améliore le diagnostic virologique des maladies respiratoires tant chez les enfants que chez les adultesL’impact total des infections respiratoires dues au coronavirus ne peut être connu précisément Parce que les coronavirus provoquent habituellement une maladie respiratoire indiscernable de celle causée La plupart des chercheurs ont utilisé des techniques sérologiques pour évaluer le rôle des coronavirus dans les maladies respiratoires Coronavirus sont un grand groupe de virus qui infectent les humains et les animaux, et le nombre total de types sérologiques Les types décrits ci-dessus, HCoV E et HCoV OC, sont typiques des autres virus. L’incidence et la prévalence de l’infection par le coronavirus ainsi que sa distribution géographique et temporelle ont été étudiées dans plusieurs rapports, principalement aux États-Unis L’infection par le coronavirus semble être rare en dehors de la période de décembre à mai Il y avait une tendance cyclique à l’infection par le coronavirus notée dans toutes les études longitudinales pour le HCoV E et le HCoV OC. [,,] Le foyer d’infection respiratoire HCoV OC observé en Normandie en février et mars est cohérent avec ces données épidémiologiques Aucun cas d’infection due au HCoV E n’a été détecté par des techniques moléculaires durant cette période De même, l’infection respiratoire coronavirus touchait des patients de tout âge groupes; Ceci corrèle bien avec les données rapportées qui montrent qu’il n’y a pas de diminution des taux d’infection par le coronavirus à mesure que l’âge des patients augmente. Ceci contraste avec les infections dues à d’autres virus respiratoires, telles que la surveillance des infections virales communautaires. Dans cette étude, seul le HCoV E a été détecté par immunocoloration avec un anticorps monoclonal interne. Aucune étude n’a rapporté d’infections respiratoires dans la région de Rhones-Alpes en France pendant l’hiver de – Lina et al ont rapporté une distribution saisonnière de l’infection par le coronavirus. due à HCoV OC Le taux élevé de détection de l’infection par le coronavirus dans notre étude est le résultat de l’utilisation d’un test RT-PCR hautement sensible plutôt que d’autres méthodes conventionnelles L’utilisation de ce type de technique d’amplification soulève la question du rôle du virus dans la causalité de la maladie Dans une étude précédente menée en Finlande de novembre à mars, HCoV E et HCoV OC n’ont pas été trouvés. b y RT-PCR des aspirations nasopharyngiennes obtenues chez des enfants n’ayant pas de symptômes respiratoires concomitants significatifs Cependant, la détection de l’ARN viral par RT-PCR doit toujours être interprétée avec prudence, car la durée de la colonisation respiratoire dans les voies respiratoires supérieures n’est pas Dans notre étude, HCoV OC était le seul agent infectieux détecté dans les échantillons respiratoires provenant de patients atteints de maladies respiratoires aiguës. Les coronavirus sont surtout connus comme virus responsables de maladies froides. Néanmoins, il existe de plus en plus de preuves que ces virus maladie chez les patients fragiles, tels que les nourrissons et les adultes âgés Chez les patients inclus dans notre étude, le site de l’infection ne se limitait pas à une partie des voies respiratoires; Cependant, des maladies digestives inférieures ont été observées chez des patients hospitalisés. Des problèmes digestifs ont été notés chez% des patients, dont tous étaient des enfants. Des particules de type coronavirus ont été identifiées dans les selles des personnes souffrant de diarrhée et, dans le s Un rôle du coronavirus dans l’étiologie de la maladie entérique aiguë a été suggéré Il n’y a aucune évidence que les HCoV provoquent une maladie entérique, bien que cela ne soit pas surprenant compte tenu de l’implication manifeste de certaines souches dans les maladies diarrhéiques graves chez les jeunes domestiques. Ainsi, des recherches sont nécessaires pour clarifier l’origine de ces symptômes digestifs. En résumé, la surveillance active des infections respiratoires du coronavirus pendant la période d’octobre à avril nous a permis d’identifier une épidémie d’infection à HCoV OC en Normandie. HCoV OC en France Les coronavirus ne sont pas aussi communs que d’autres virus respiratoires, mais ils circulent aussi en d’hiver et au début du printemps et peut produire une maladie clinique similaire La surveillance épidémiologique des infections à coronavirus peut être facilitée en utilisant des techniques de RT-PCR pour le diagnostic de routine

Remerciements

Nous remercions Jacques Brouard et Françoise Lafay d’avoir fourni des données cliniques