Taux d’acquisition de la colonisation pneumococcique et des probabilités de transmission, par sérotype, parmi les nouveau-nés dans le district de Kilifi, Kenya

Contexte La protection des troupeaux et le remplacement du sérotype après l’introduction du vaccin antipneumococcique conjugué Le PCV est imputable à l’impact du vaccin sur la colonisation Avant l’introduction du vaccin au Kenya, nous avons réalisé une étude épidémiologique pour estimer le taux d’acquisition pneumococcique par sérotype dans une population non colonisée. Les prélèvements ont été effectués sur des nourrissons âgés de 7 jours et moins par semaine pendant 13 semaines. Les parents et les frères et soeurs âgés de 10 ans ont été nettoyés tous les mois à l’aide de tampon-lait tryptone-glucose-glycérine et de gélose au sang de gentamicine. ont été sérotypés par la réaction de Quellung Nous avons utilisé l’analyse de survie et l’analyse de régression de Cox pour examiner les taux d’acquisition et les facteurs de risque spécifiques au sérotype et les probabilités de transmission calculées à partir du modèle des acquisitions de la famille. avec la première acquisition détecté le premier jour de vie Le délai médian d’acquisition était de 385 jours Le taux d’acquisition du pneumocoque était de 00189 acquisitions / jour Intervalle de confiance de 95%, 0177-0202 acquisitions / jour Taux d’acquisition spécifiques au sérotype variés de 000002-00025 acquisitions / jour parmi 49 différents sérotypes Saison, coryza et exposition aux cigarettes, aux vapeurs de cuisine et aux autres enfants à la maison étaient des facteurs de risque importants pour l’acquisition La probabilité de transmission par 30 jours de contact avec un porteur était de 023 95% CI, 20-26Conclusions nouveau-né Les nourrissons de Kilifi ont des taux élevés d’acquisition nasopharyngée de pneumocoques La moitié de ces acquisitions impliquent des sérotypes non inclus dans le vaccin actuel Plusieurs facteurs de risque sont modifiables par l’intervention Les nouveau-nés représentent une population cohérente d’individus naïfs de pneumocoques pour estimer l’impact du PCV sur la transmission

Cependant, les effets indirects du PCV, de la protection du troupeau et de la sérotypie ont été beaucoup plus variables [1]. La maladie de remplacement du sérotype n’a pas eu lieu. dans certaines populations, dans d’autres, il a presque annulé l’effet bénéfique direct du PCV [2, 3] L’Alliance GAVI soutient l’introduction du PCV dans tous les pays en développement, et l’ampleur des effets indirects du PCV sera un facteur déterminant Les vastes systèmes de surveillance des IPD qui ont caractérisé l’impact du PCV dans les pays développés [4, 5] n’ont pas été établis dans les pays en développement et les données sur l’incidence des IPD sont rares. Cependant, les effets indirects des vaccins sont influencés par les changements. dans le transport rhinopharyngé, et parce que le transport est plus facile à étudier que IPD, il peut être pos On peut modéliser l’effet de l’introduction du vaccin sur la maladie en surveillant son effet sur le transport et la transmission [6, 7] Un VPC de 10 valences contenant les sérotypes 1, 4, 5, 6B, 7F, 9V, 14, 18C, 19F et 23F Avant l’introduction du vaccin, nous avons étudié le taux de base d’acquisition de la colonisation nasopharyngée. Comme chaque sérotype pneumococcique présente un schéma épidémiologique différent [8], nous avons étudié les taux d’acquisition. Pour les 28 sérotypes les plus courants Les taux d’acquisition décrivent l’expérience du nouveau-né sans référence à la source d’infection Estimer la probabilité de transmission, définie comme la probabilité qu’un contact entre un parent colonisé et un nouveau-né non infecté entraîne la colonisation du nouveau-né [9] , nous avons également étudié le statut de transport des membres de la famille du ménage

Méthodes

Population étudiée

L’étude a été menée au Kilifi District Hospital KDH sur la côte de l’océan Indien au Kenya parmi les familles qui résidaient dans le système de surveillance sanitaire et démographique de Kilifi KHDSS [10] Il s’agit d’une surveillance longitudinale d’environ 250 000 personnes vivant dans une zone géographique bien définie. autour de la KDH, avec une cohorte annuelle de naissance d’environ 8 000 mères-nourrissons ont été recrutées après l’accouchement dans le service de maternité KDH, lorsque le nourrisson a été enregistré dans le KHDSS, ou lorsque le nourrisson a été amené à la clinique de vaccination KDH, si la visite a eu lieu 7 jours après la naissance Nous avons ensuite visité toute la famille à la maison et les avons invités à participer Les enfants étaient exclus de l’étude s’ils avaient 6 frères et soeurs âgés de moins de 10 ans mais n’étaient pas exclus si leurs parents refusaient de participer

Étudier le design

Les prélèvements nasopharyngés des nourrissons ont été réalisés deux fois par semaine pendant 2 semaines et chaque semaine par la suite. Le suivi a été interrompu quand un pneumocoque a été prélevé sur un nourrisson ou 13 semaines après l’entrée dans l’étude. Par questionnaire, nous avons déterminé la taille et l’emplacement du ménage, les variables socio-économiques et les résultats du test du VIH du virus de l’immunodéficience humaine effectué pour la mère. À chaque contact maternel, nous avons vérifié les informations suivantes pour le nourrisson: le nombre de membres du ménage et de frères et soeurs, l’allaitement maternel, l’exposition à la cigarette et à la cuisine, les symptômes d’infection des voies respiratoires supérieures et l’utilisation d’antibiotiques

Dosage en laboratoire

Les échantillons ont été prélevés et traités selon les méthodes standard [11] Des écouvillons souples à pointe de Dacron ont été insérés dans le nasopharynx postérieur, mis en rotation lentement pendant 1 seconde et prélevés. Les écouvillons ont été retirés au cutter et transportés au laboratoire dans les 8 heures dans du lait écrémé. STGG milieu, où ils ont été cultivés directement Le STGG a été vortexé pendant 20 secondes pour extraire le spécimen rhinopharyngique de l’écouvillon, et un échantillon de 10 μL a été inoculé sur gélose au sang avec 25 μg / mL de gentamicine et incubé pendant la nuit. Les pneumocoques ont été sérotypés par la réaction de Quellung, à l’aide d’antisérums polyclonaux de lapin Statens Seruminstitut, Copenhague, Danemark. Nous avons sérotypé 4 colonies de pneumocoques par plaque, en sélectionnant 4 colonies pneumococciques par plaque. colonies morphologiquement distinctes si possible Pour les parents du nourrisson, nous avons analysé le portage de sérotypes multiples car tous les les rotypes constituent un risque infectieux pour le nourrisson, mais pour le nourrisson nous avons seulement analysé le sérotype colonisateur dominant car le risque d’acquisition simultanée de deux sérotypes est faible. Nous avons effectué un contrôle de qualité du STGG et de la gélose au sang gentamicine pour garantir la stérilité et la capacité à supporter le pneumocoque. croissance Le sérotypage a été suivi par un système d’assurance qualité interne bimensuel, utilisant une banque de pneumocoques standard

Une analyse

StataCorp, College Station, TX Les taux d’acquisition ont été estimés par analyse de survie des périodes sans infection, définie par le milieu de l’intervalle où le résultat de l’écouvillonnage est passé de négatif à positif. Les nourrissons dont le premier écouvillon a été testé positif. Les nourrissons perdus de vue tout au long de l’étude ou qui sont restés introuvables après 98 jours ont été censurés au moment de la collecte de leur dernier prélèvement. Nous avons étudié les facteurs de risque d’acquisition de la colonisation par le pneumocoque. de la régression de Cox pour examiner les deux covariables fixes, par exemple, le mois de naissance et les covariables dépendantes du temps, par exemple, coryza au moment de l’écouvillonnage Variables avec une association significative P & lt; Les analyses univariées ont été incluses dans un modèle de régression inverse et ont été rejetées au niveau P ≥ 05 sur la base des tests du ratio de vraisemblance. Nous avons examiné l’hypothèse des risques proportionnels en testant la pente des résidus de Schoenfeld dans le temps et en identifiant le parallélisme parcelles de risque de log

Probabilité de transmission

Parce que les pneumocoques sont peu transmissibles, nous avons surveillé les membres de la famille tous les mois et défini l’intervalle de 30 jours de cohabitation. Nous avons identifié ces périodes de contact entre les parents et les nouveau-nés et suivi la survie sans infection du nourrisson pendant 30 jours. Le début de chaque période de contact a été défini comme la date à laquelle un prélèvement d’écouvillon positif au pneumocoque a été prélevé sur le parent, et la fin de la période de contact a été définie par la date du prélèvement du même échantillon, la date à laquelle l’infection par le pneumocoque a été détectée chez le nourrisson, date à laquelle le dernier prélèvement de pneumocoque négatif a été recueilli sur le nourrisson si le nourrisson a été perdu de vue, ou 30 jours après le prélèvement de l’écouvillon spécimen du parent, selon la première éventualité Nous avons supposé qu’un parent colonisé au départ demeurait contagieux pendant toute la période de contact. les périodes variaient de 1 à 30 jours, nous avons utilisé l’analyse de survie pour estimer le risque quotidien d’acquisition d’un sérotype homologue chez le nouveau-né. Le temps d’analyse commençait au début de chaque période de contact et nous mesurions les taux de hasard par 30 jours. les échantillons sur écouvillon étaient positifs pour le sérotype> 1, nous avons traité ces sérotypes comme des expositions indépendantes et avons dupliqué le registre de la période de contact Si un nourrisson était simultanément exposé à un parent avec le même sérotype, nous avons pondéré le Nous avons exploré la variation du taux de risque de transmission par type de parenté, âge du frère et du nouveau-né Nous avons converti le risque d’acquisition homologue λ aux probabilités de transmission P, en utilisant P = 1-e-λLe Comité National Ethique KEMRI et le Comité d’éthique de la recherche tropicale d’Oxford a approuvé l’étude, et le consentement éclairé écrit a été obtenu de tous les participants adultes et de les mères des nourrissons participants et leurs frères et soeurs

RÉSULTATS

Le recrutement a débuté le 29 juin 2006 et s’est terminé le 3 mars 2009 et le dernier prélèvement a eu lieu le 14 mai 2009. Au total, 2080 isolats pneumococciques ont été cultivés dans 12 610 écouvillons. La figure 1 montre le flux de recrutement et de suivi. au recrutement était de 21 jours 1 jour Sur 1404 enfants recrutés, 46 nourrissons 33% étaient déjà colonisés au moment où leur premier écouvillon a été recueilli La prévalence de la colonisation existante a augmenté linéairement, de 086% 5 de 583 le jour 1 à 97% 10 de 103 au jour 7 de la vie Tableau supplémentaire S1 Nous avons recruté 1372 mères, 221 pères et 1412 frères et soeurs, dont 1357 99%, 189 86% et 1268 90%, respectivement, ont été recrutés dans les 7 jours du nourrisson. localiser 355 pères, et 828 pères ont refusé de participer

Figure 1

Voir grand

Télécharger le diaporama

Flux des sujets recrutés dans l’étude Le calendrier des acquisitions et des pertes de suivi est détaillé dans le tableau supplémentaire S2. Les pertes au suivi étaient principalement dues au retrait du consentement.

Figure 1

Voir grand

Télécharger le diaporama

Flux des sujets recrutés dans l’étude Le calendrier des acquisitions et des pertes de suivi est détaillé dans le tableau supplémentaire S2. Les pertes au suivi étaient principalement dues au retrait du consentement.

Taux d’acquisition

L’intervalle médian moyen entre la collecte des écouvillons chez les nouveau-nés était de 704 jours et 7 jours; l’intervalle médian moyen utilisé pour estimer l’acquisition était de 92 jours 7 jours Un total de 887 infections ont été observées pendant 46 947 jours de risque, donnant un taux de risque d’acquisition de 00189 par enfant par jour intervalle de confiance à 95% [0], 0177-0202 le temps médian observé à l’acquisition était de 385 jours Malgré une bonne approximation d’une courbe exponentielle Figure 2, le taux de risque était 25% plus élevé 00225; 95% CI, 0197-0257 dans la seconde moitié du temps de suivi que dans le premier semestre 00180; IC à 95%, 0166-0194; P = 0046 Nous avons utilisé des techniques de survie non paramétriques pour toutes les analyses ultérieures

Figure 2View largeTélécharger la courbe de survie et l’ajustement exponentiel à la durée sans infection chez les nouveau-nés suivis pour la colonisation pneumococciqueFigure 2Voir grandDownload slideCourbe de survie et ajustement exponentiel à la durée sans infection chez les nouveau-nés suivis pour la colonisation pneumococcique

Taux d’acquisition spécifiques au sérotype

Parmi 887 pneumocoques acquis dans l’étude, il y avait 49 sérotypes différents; un pneumocoque est mort avant de pouvoir être sérotypé Le taux de risque pour l’acquisition des sérotypes individuels Tableau 1 et Tableau supplémentaire S3 variait de 00025 / jour pour le sérotype 19F, le sérotype le plus commun, à 0000021 / jour pour les sérotypes les plus rares dans le 13-valent PCV qui comprend les sérotypes 3, 6A et 19A, en plus des sérotypes PCV10 était la moitié du taux total d’acquisition pneumococcique Tableau 1

Tableau 1: Taux d’acquisition de pneumocoques chez les nouveau-nés, par sérotype, en ordre décroissant des taux et des groupes de sérotypes contenus dans les formulations vaccinales Sérotype Acquisitions Pas de taux de danger par jour IC 95% 19F 119 000254 00212-00303 6A 70 000149 00118-00189 6B 59 000126 00097-00162 23F 58 000124 00096-00160 23B 47 000100 00075-00133 14 37 000079 00057-00109 35B 37 000079 00057-00109 11A 33 000070 00050-00099 15B 28 000060 00041-00086 15C 26 000055 00038-00081 15A 25 000053 00036 -00079 34 25 000053 00036-00079 19A 24 000051 00034-00076 10A 23 000049 00033-00074 3 21 000045 00029-00069 9V 20 000043 00028-00066 13 19 000041 00026-00063 19B 19 000041 00026-00063 21 19 000041 00026-00063 7C 17 000036 00023-00058 20 16 000034 00021-00056 16F 15 000032 00019-00053 4 15 000032 00019-00053 18C 12 000026 00015-00045 23A 12 000026 0001 5-00045 33B 12 000026 00015-00045 38 12 000026 00015-00045 33D 11 000023 00013-00042 PCV7 types 320 000682 00611-00761 1, 5, 7F 9 000019 00010-00037 3, 6A, 19A 115 000245 00204-00294 Tous les autres types 443 000944 00860-01036 Tous 887 001889 01769-02018 Sérotype Acquisitions Pas de taux de risque par jour IC 95% 19F 119 000254 00212-00303 6A 70 000149 00118-00189 6B 59 000126 00097-00162 23F 58 000124 00096-00160 23B 47 000100 00075 -00133 14 37 000079 00057-00109 35B 37 000079 00057-00109 11A 33 000070 00050-00099 15B 28 000060 00041-00086 15C 26 000055 00038-00081 15A 25 000053 00036-00079 34 25 000053 00036-00079 19A 24 000051 00034-00076 10A 23 000049 00033-00074 3 21 000045 00029-00069 9V 20 000043 00028-00066 13 19 000041 00026-00063 19B 19 000041 00026-00063 21 19 000041 00026-00063 7C 17 000036 00023-00058 20 16 00003 4 00021-00056 16F 15 000032 00019-00053 4 15 000032 00019-00053 18C 12 000026 00015-00045 23A 12 000026 00015-00045 33B 12 000026 00015-00045 38 12 000026 00015-00045 33D 11 000023 00013-00042 PCV7 types 320 000682 00611-00761 1, 5, 7F 9 000019 00010-00037 3, 6A, 19A 115 000245 00204-00294 Tous les autres types 443 000944 00860-01036 Tous 887 001889 01769-02018 Le temps total à risque a été estimé à 46 947 jours Les analyses sont affichées pour tous les sérotypes dans lesquels> 10 acquisitions ont été observées dans l’étude Les sérotypes contenus dans PCV7 sont 4, 6B, 9V, 14, 18C, 19F et 23F Les résultats des analyses de tous les sérotypes sont présentés dans le Tableau supplémentaire S3Abbreviations: CI, confidence intervalle; PCV7, vaccin antipneumococcique conjugué 7-valentVoir Grand

Facteurs de risque pour l’acquisition

Les ratios de risque univariés pour les facteurs de risque potentiels sont présentés au tableau 2. Dans le modèle final tableau 3, il y avait une seule interaction significative entre le coryza observé lors de la visite précédente et le nombre de frères et soeurs P = 019, par le test du rapport de vraisemblance. avoir un effet sur le risque d’acquisition en l’absence de la fratrie, mais a augmenté le risque associé à la fratrie, du moins pour les nouveau-nés de 1 à 4 frères et sœurs Les hypothèses de risques proportionnels ont été satisfaites par toutes les variables

Tableau 2 Facteurs de risque variables pour l’acquisition de la colonisation par pneumocoque Facteur de risque Acquisitions Non Alla Nourrissons Non Taux de risque 95% CI P Période d’étude par mois 887 1404 0999 997-1037 & lt; 00005 Mois 887 1404 & lt; 00005 Jan … … 100 Fév … … 085 58 -123 Mar … … 088 62-125 Avr … … 092 65-13 Mai … … 091 64-13 Juin … … 127 9-179 Juil … … 177 129-242 Août … … 146 105-202 Sept … … 150 107- 21 Oct … … 126 89-177 Nov … … 094 65-135 Dec … … 066 44-99 Sexe homme 887 1404 097 85-111 68 Test de séropositivité à la mère 515 923 111 78-156 5792 Nombre de fumeurs dans la maison 835 1191 0276 0 … … 100 1 … … 126 108-148 2 … … 154 69-343 Type de combustible utilisé pour la cuisson 814 1167 0018 Bois de chauffage … … 100 Charbon de bois … … 052 3-088 Paraffine … … 077 61-97 Gaz … … 211 94-472 L’allaitement maternel lors de cette visite 880 1401 121 65-227 5279 L’allaitement maternel lors de la dernière visite 880 1402 103 58-183 907 Toux observée lors de cette visite 887 1404 165 134-203 <00005 Coryza observé lors de cette visite 887 1404 181 155-213 <00005 Coryza observée lors de sa dernière visite 887 1404 146 121-176 0001 Mucose nasale évidente au prélèvement NP 887 1404 136 103-18 0354 Rapports des dispensateurs de soins antécédents de toux chez le nourrisson 846 1400 197 142-273 0002 L'aidant rapporte l'histoire du coryza chez le nourrisson 800 1395 164 123-218 0017 Nombre de frères et sœurs âgés de moins de 10 ans 887 1403 & lt; 00005 0 ... ... 100 1-2 ... ... 169 141 -202 3-4 ... ... 203 166-247 5-6 ... ... 147 102-213 Non parmi les personnes âgées de moins de 10 ans dans le ménage 835 1194 & lt; 00005 0 ... ... 100 1 ... ... 140 111-176 2 ... ... 166 135 205 3 ... ... 172 137-215 4 ... ... 225 172-295 ≥5 ... ... 193 133-279 Nombre d'autres personnes âgées de> 10 ans dans le ménage 0 834 1190 100 697 1 … … 093 74-117 2 … … 103 86 -124 3 … … 088 69-112 4-5 … … 095 74-121 6-9 … … 087 56-136 Facteur de risque Acquisitions Non Alla Nourrissons Non Taux de risque 95% CI P Période d’étude par mois 887 1404 0999 997-1037 & lt; 00005 Mois 887 1404 & lt; 00005 Jan … … 100 Fév … … 085 58-123 Mar … … 088 62-125 Avr … … 092 65-13 Mai … … 091 64-13 juin … … 127 9-179 Juil … … 177 129-242 Août … … 146 105-202 Sept … … 150 107-21 Oct … … 126 89-177 Nov … … 094 65-135 Déc … … 066 44-99 Sexe homme 887 1404 097 85-111 68 Mère tes nombre de fumeurs dans la maison 835 1191 0276 0 … … 100 1 … … 126 108-148 2 … … 154 69-343 Type de combustible utilisé pour la cuisine 814 1167 0018 Bois de chauffage … … 100 Charbon de bois … … 052 3-088 Paraffine … … 077 61-97 Gaz … … 211 94-472 L’allaitement lors de cette visite 880 1401 121 65-227 5279 L’allaitement maternel lors de la dernière visite 880 1402 103 58-183 907 Toux observée à cette visite 887 1404 165 134-203 <00005 Coryza observée lors de cette visite 887 1404 181 155-213 <00005 Coryza observée lors de la dernière visite 887 1404 146 121-176 0001 Mucose nasale évidente au prélèvement NP 887 1404 136 103-18 0354 Soignant rapports d'antécédents de toux chez le nourrisson 846 1400 197 142-273 0002 Soignant rapports d'histoire de coryza chez le nourrisson 800 1395 164 123-218 0017 No de frères et soeurs âgés de moins de 10 ans 887 1403 & lt; 00005 0 ... ... 100 1-2 ... ... 169 141-202 3-4 ... ... 203 166-247 5-6 ... ... 147 102-213 Non parmi les personnes âgées de moins de 10 ans dans le ménage 835 1194 & lt; 00005 0 ... ... 100 1 ... ... 140 111-176 2 ... ... 166 135-205 3 ... ... 172 137-215 4 ... ... 225 172-295 ≥5 ... ... 193 133-279 Nombre d'enfants âgés de moins de 10 ans dans la famille 0 834 1190 100 697 1 ... ... 093 74-117 2 ... ... 103 86-124 3 ... ... 088 69-112 4-5 ... ... 095 74-121 6-9 ... ... 087 56-136 Abréviations: IC, intervalle de confiance; VIH, virus de l'immunodéficience humaine; NP, nasopharyngeala Les données concernent tous les nourrissons pour lesquels le facteur de risque était connu.

Tableau 3Final modèle des facteurs de risque d’acquisition de la pneumococcie Facteur de risque Ratio de risque ajusté 95% CI Mois Jan 100 Fév 090 61-133 Mar 089 61-130 Avr 096 66-140 Mai 096 66-139 Jun 140 97-202 Jul 172 122 -241 Aug 159 112-225 Sep 153 107-218 Oct 135 94-194 Nov 106 72-157 Dec 065 42-100 Fumeurs de cigarettes dans le ménage Par fumeur 120 104-139 Carburant utilisé pour la cuisson Bois de chauffe 100 Charbon de bois 049 29-83 Paraffine 075 59-94 Gaz 224 99-508 Coryza a observé cette visite Non 100 Oui 173 146-206 Coryza non observée lors de la dernière visite Nbre de frères et sœurs âgés de moins de 10 ans 0 100 1-2 153 123-189 3-4 180 141-232 5 -6 136 89-209 Coryza observée lors de la dernière visite Nbre de frères et sœurs âgés de moins de 10 ans 0 102 1-2 242 179-327 3-4 203 135-304 5-6 040 10 165 Nombre d’enfants de moins de 10 ans dans le ménage Par enfant 108 102-114 Facteur de risque Ratio de risque ajusté 95% CI Mois Jan 100 Fév 090 61-133 Mar 089 61-130 Avr 096 66-140 Mai 096 66-139 Jun 140 97-202 juil 172 122-241 août 159 112-225 sept 153 107-218 oct 135 94-194 nov 106 72-157 déc 065 42-100 Fumeurs de cigarettes dans le ménage Par fumeur 120 104-139 Carburant utilisé pour la cuisson Bois de chauffage 100 Fusain 049 29-83 Paraffine 075 59-94 Gaz 224 99-508 Coryza a observé cette visite Non 100 Oui 173 146-206 Coryza non observée lors de la dernière visite Nbre de frères et sœurs âgés de moins de 10 ans 0 100 1-2 153 123-189 3- 4 180 141-232 5-6 136 89-209 Coryza observée lors de la dernière visite Nbre de frères et soeurs âgés de moins de 10 ans 0 102 1-2 242 179-327 3-4 203 135-304 5-6 04 0 10-165 Non des autres enfants <10 ans dans le ménage Par enfant 108 102-114 Abréviation: CI, intervalle de confianceView Large

Prévalence du sérotype dans les membres de la famille

Parmi les 4387 prélèvements prélevés sur des membres de la famille, 1120 26% étaient positifs pour les pneumocoques, dont 170 sur 2144 échantillons sur écouvillon 793% sur mères, 35 sur 284 12% sur pères et 915 sur 1959 sur 467% sur frères et soeurs âgés de moins de 10 ans. Résultats positifs Deux sérotypes ont été observés simultanément dans des échantillons sur écouvillon prélevés chez 69 frères et sœurs, 3 pères et 1 mère. Au total, nous avons observé 1193 pneumocoques dans les familles des enfants indexés La distribution des sérotypes variait significativement entre les 3 groupes: nouveau-nés, frères et sœurs Parents; Tableau supplémentaire S4

Probabilité de transmission dans les familles

Il y a eu 874 périodes de contact de 1 à 30 jours entre parents et nouveau-nés chez lesquels le parent a été colonisé au départ. En 54, le parent a été cocolonisé avec 2 sérotypes, donnant 928 périodes d’exposition pour une transmission potentielle spécifique au sérotype. durée de ces épisodes était 213 jours 265 jours, et ils ont été terminés par transmission homologue, acquisition hétérologue, ou aucune acquisition chez le nouveau-né en 186, 329 et 413 épisodes, respectivement Dans 60 épisodes transmission homologue a eu lieu de 1 sur 2 simultanément colonisés Le risque d’acquisition homologue de base pour le contact avec un parent colonisé était de 026 95% IC 23-31 par période de 30 jours, ce qui donne une probabilité de transmission calculée de 023 95% IC , 20-26 par période de 30 jours Tableau 4 Probabilité de transmission brute calculée en divisant le nombre d’infections par le nombre d’épisodes d’exposition s était de 020 186 infections par 928 épisodes d’exposition, bien que certains de ces épisodes aient été de moins de 30 jours Globalement, le risque d’acquisition homologue était légèrement plus élevé chez les nourrissons que chez les garçons, mais variait selon le type de contact potentiellement infectieux. Le sexe masculin était de 149 en association avec des périodes de contact maternel et de 074 en association avec des périodes de contacts entre frères et sœurs. L’étude n’a pas été conçue pour tester les interactions entre le sexe et le type relatif. l’âge du frère n’a pas affecté la probabilité d’acquisition homologue chez le nourrisson P = 37 Les probabilités de transmission pour les sérotypes individuels sont indiquées dans le tableau 4

Tableau 4 Taux de risque d’exposition pneumococcique conventionnelle et probabilités de transmission Sous-ensemble d’observations Période de contact Aucun intervalle de risque × 30 jours Taux de risque 95% IC Probabilité de transmission Tous les épisodes de risque 928 5719 026 23-031 023 Pour les nourrissons 407 2476 029 23-036 025 Pour les nourrissons 521 3243 024 20-030 022 Pères 31 202 010 03-056 009 Mères 128 875 027 19-040 024 Aux nourrissons 62 450 022 12-042 020 Aux nourrissons 66 424 033 20-055 028 Frères et soeurs 769 4643 027 23-032 023 Aux nourrissons 333 1933 032 25-040 027 Aux nourrissons 436 2710 023 19-030 021 Frères et sœurs, selon l’âge 0-1 an 97 595 034 22-053 029 2-3 ​​ans 350 2131 026 21-034 023 4-5 années 198 1202 027 20-038 024 6-7 ans 89 522 019 11-035 017 8-9 ans 35 194 031 15-073 027 Sérotype 3 41 248 004 01-039 004 4 19 122 025 08-107 022 5 7 46 022 04-196 020 6A 78 482 031 20-051 027 6B 61 356 020 10-043 018 7C 12 76 013 04-012 012 9V 24 143 028 11-090 024 10A 29 205 020 08- 064 018 11A 43 284 025 12-057 022 13 33 226 018 07-055 016 14 34 222 023 10-064 020 15A 23 157 026 10-085 023 15B 20 118 034 13-104 029 15C 40 258 031 16-064 027 16F 13 100 020 05-165 018 18C 19 110 027 09-103 024 19A 27 162 025 10-078 022 19B 12 52 058 20-198 044 19F 104 673 039 27-056 032 20 22 157 0 21 17 99 0 23A 11 90 0 23B 33 168 054 30-100 041 23F 43 249 044 25-081 036 33B 13 98 020 05-172 019 34 41 256 016 06-049 014 35B 37 206 029 14-068 025 38 11 56 018 03-164 016 Sous-ensemble d’observations Périodes de contact Aucun intervalle de risque × 30 jours Taux de risque 95% IC Probabilité de transmission Tous les épisodes de risque 928 5719 026 23-031 023 Pour les nourrissons 407 2476 029 23-036 025 Pour les nourrissons 521 3243 024 20-030 022 Pères 31 202 010 03-056 009 Mères 128 875 027 19-040 024 Aux nourrissons 62 450 022 12-042 020 Aux nourrissons 66 424 033 20-055 028 Frères et soeurs 769 4643 027 23-032 023 Aux nourrissons 333 1933 032 25-040 027 Aux nourrissons 436 2710 023 19-030 021 Frères et soeurs , par âge 0-1 an 97 595 034 22-053 029 2-3 ​​ans 350 2131 026 21-034 023 4-5 ans 198 1202 027 20-038 024 6-7 ans 89 522 019 11-035 017 8-9 années 35 194 031 15-073 027 Sérotype 3 41 248 004 01-039 004 4 19 122 025 08-107 022 5 7 46 022 04-196 020 6A 78 482 031 20-051 027 6B 61 356 020 10-043 018 7C 12 76 013 04-012 012 9V 24 143 028 11-090 024 10A 29 205 020 08-064 018 11A 43 284 025 12-057 022 13 33 226 018 07-055 016 14 34 222 023 10-064 020 15A 23 157 026 10-085 023 15B 20 118 034 13 -104 029 15C 40 258 031 16-064 027 16F 13 100 020 05-165 018 18C 19 110 027 09-103 024 19A 27 162 025 10-078 022 19B 12 52 058 20-198 044 19F 104 673 039 27-056 032 20 22 157 0 21 17 99 0 23A 11 90 0 23B 33 168 054 30-100 041 23F 43 249 044 25-081 036 33B 13 98 020 05-172 019 34 41 256 016 06-049 014 35B 37 206 029 14 -068 025 38 11 56 018 03-164 016 Les taux de hasard et les probabilités de transmission pour l’acquisition par le nourrisson d’un sérotype homologue reflètent une période de contact de 30 jours avec un membre de la famille colonisée. Seuls les sérotypes avec au moins 120 jours de risque 4 × 30 jours sont montrés ici: données sur al l Les sérotypes sont présentés dans le tableau supplémentaire S5. Les probabilités de transmission brutes peuvent être obtenues comme le rapport des acquisitions aux périodes d’exposition. Abréviation: IC, intervalle de confiance.

DISCUSSION

l’étude est bien corrélée avec celles estimées pour les enfants plus âgés, 3-59 mois dans le même cadre r = 087; P & lt; 00005, bien que les taux chez les enfants plus âgés soient en moyenne 50% plus élevés [26] Au départ, nous pensions que les taux d’acquisition seraient plus élevés chez les nouveau-nés non infectés que chez les enfants en général, car la concurrence intraspécifique Les résultats moyens fournissent des probabilités de transmission crédibles pour environ 25 sérotypes différents. Ces résultats varient de 004 par 30 jours de contact pour le sérotype 3 à 044 par 30 jours de contact pour le sérotype 19B. Nous avons estimé les probabilités de transmission en supposant un taux de transmission constant au cours du temps. Les processus dépendants du temps qui influent sur la transmission, comme l’immunité acquise dans l’immunité passive relative ou décroissante chez le nouveau-né, sapent cette hypothèse. transmission, comme l’apparition d’une infection virale des voies respiratoires supérieures dans le tra nsmitter [28], ne sont pas associés à la durée de contact entre les pairs et la taille du ménage sont des déterminants forts du mélange dans les études de contact social et sont susceptibles d’affecter la transmission [29] Dans notre étude, mères et frères et sœurs Les tout-petits sont considérés comme le moteur de la transmission, car ils ont une prévalence élevée de portage et une mauvaise hygiène, mais nous avons observé que les porteurs étaient tout aussi efficaces que les pneumocoques. transmetteurs de la naissance à 9 ans En Afrique, ceci a des implications importantes pour la stratégie d’introduction du PCV car la prévalence du portage reste élevée jusqu’à l’âge de 9 ans [30-32] Vacciner la majorité des émetteurs effectifs et établir la protection du troupeau prendre près de 10 ans si la vaccination ciblait uniquement les nourrissons. Les facteurs de risque d’acquisition confirment que le ménage est un véhicule important pour la transmission et que les enfants dans le ménage, indépendamment de l’appartenance familiale, sont la principale source Coryza est un risque connu pour la prévalence de transport [32], mais il n’a pas été possible de distinguer si coryza augmente le risque de colonisation ou seulement détection de la colonisation Nos résultats suggèrent que les deux interprétations s’appliquent Coryza à la fin d’une période de risque est associée à l’acquisition de détection plus élevée, mais aussi au coryza au début d’une période de risque Cependant, le coryza préexistant n’a amélioré l’acquisition que chez les nourrissons 4 suggèrent que les symptômes du coryza peuvent faciliter l’attachement du pneumocoque chez les individus exposés – comme cela a été suggéré dans les modèles animaux [33] Le bois de chauffage fumé, associé au charbon ou à la paraffine, est associé au risque d’acquisition. le tabagisme est un facteur de risque connu pour le portage pneumococcique [34] et, comme la fumée de cuisson à l’intérieur [35], se prête à l’intervention Enfin, le risque d’acquisition illustre un profil saisonnier mensuel reflétant la prévalence de la colonisation chez les enfants de 3-59 mois Dans la même communauté de très près [32] L’étude était incapable de fournir une description complète de la transmission domestique, en particulier des pères Dans le KHDSS, les mâles adultes sont relativement peu présents dans le ménage parce qu’ils émigrent pour le travail [10] Les pères étaient beaucoup moins susceptibles que les mères de consentir à fournir une série de 3 échantillons sur écouvillon. Notre étude ignore également le rôle de la communauté dans la transmission pneumococcique, bien qu’ailleurs, l’acquisition communautaire soit triviale comparée à l’acquisition intrafamiliale [18] ont cherché plusieurs sérotypes parmi les membres des ménages colonisés, mais les méthodes utilisées sont moins sensibles que les techniques plus récentes disponibles [36] Les pneumonies à pneumocoques qui existent à des densités beaucoup plus faibles dans le nasopharynx sont susceptibles d’avoir une probabilité de transmission proportionnellement plus faible, ce qui minimise l’impact des erreurs de classification sur les résultats. Les taux d’acquisition sont similaires à ceux observés chez les enfants plus âgés de la même population [26], et les facteurs de risque comprennent la cuisson et la fumée de cigarette, la saison, le contact avec les enfants dans le ménage et les symptômes d’infection des voies respiratoires supérieures Ceci est la première étude à fournir des probabilités de transmission crédibles pour un large éventail de sérotypes. Ces paramètres seront utiles aux modélisateurs qui tentent de décrire et de comprendre les effets indirects des vaccins conjugués. la base des observations épidémiologiques des effets indirects du vaccin à la suite de l’introduction du PCV au Kenya

Remarques

Remerciements Nous remercions les familles du district de Kilifi qui ont participé à l’étude; le personnel de terrain, pour son travail formidable; et le Prof. Marc Lipsitch, pour des commentaires utiles sur une version antérieure du manuscrit. Cet article a été publié avec la permission du Directeur du Kenya Medical Research Institute. Soutien financier Ce travail a été soutenu par une bourse de recherche du Wellcome Trust 081835 à AS The KEMRI-Wellcome Le programme de recherche Trust est soutenu par un financement de base du Wellcome Trust 092654 / Z / 10 / APotential conflits d’intérêts JAGS a reçu un financement de recherche de GlaxoSmithKline Biologicals Tous les autres auteurs rapportent aucun conflit potentiel Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits potentiels de Intérêts Les conflits que les éditeurs jugent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués