Staphylococcus aureus CC lié au bétail émerge dans les infections sanguines chez les patients français non liés à l’élevage

Nous rapportons des infections sanguines associées à Staphylococcus aureus CC type II chez des individus sans exposition animale. Nous démontrons, par analyse microréseau, la présence de cluster egc, fnbA, opéron cap, lukS, ensemble, ensemble, splE, splD, sak, epiD, et peut, caractéristiques génomiques associées à un fort potentiel de virulence chez l’homme

Staphylococcus aureus, CC; Staphylococcus aureus est une cause majeure d’infection sanguine BSI, associée à des taux élevés de morbidité et de mortalité Au cours des dernières années, S aureus a subi des changements dans sa constitution génétique, résultant en l’émergence de clones qui sont transmis avec succès et provoquent des maladies dans Staphylococcus aureus colonise et infecte aussi les animaux, en particulier le bétail Staphylococcus aureus appartenant aux complexes clonaux CC et CC est associé dans le monde entier au bétail, à leurs contacts humains et à leurs produits alimentaires A ce jour, les infections humaines avec des isolats LA S aureus associés au bétail ont Généralement chez les éleveurs ou les vétérinaires Cependant, en France et dans le monde , des souches CC ont récemment émergé chez des patients sans exposition animale, chez qui ils ont provoqué BSI De même, lors d’une enquête longitudinale prospective BSI initiée en France , nous avons identifié, dans et, les premiers cas de BSI dus à C C S aureus, chez des patients sans exposition animale Nous documentons cette émergence en rapportant le contexte clinique et en déterminant le contenu génomique de ces isolats CC

Méthodes

Méthode d’enquête épidémiologique BSI

Un programme de surveillance BSI et une étude microbiologique des isolats de S aureus provenant de cas de BSI ont été menés depuis, dans la région centrale de la France million d’habitants. Les méthodes, le plan d’étude et les données pour les années ont été rapportés ailleurs.

Méthodes microbiologiques

Des isolats de S aureus associés au BSI ont été recueillis pendant chaque période d’enquête et envoyés à un laboratoire central. Les tests de sensibilité aux antimicrobiens ont été réalisés par diffusion sur disque. Bio-Rad Les gènes mecA et cfr ont été détectés par PCR. électrophorèse en champ pulsé PFGE ont été utilisés pour le typage PCR ciblant sau-hsdS a été utilisé pour la détection des isolats CC Pour MLST typage de séquence multilocus, S aureus isolats ont été analysés comme décrit précédemment Les types de Spa ont été déterminés pour tous les isolats comme décrit précédemment et ont été assignés par la base de données wwwridomde / spaserver Typing pour agr a été effectuée et les isolats ont été classés comme agr types I à IV PCR a été réalisée pour détecter les gènes de virulence lukS-PV, lukF-PV, tst, eta, etb, et les gènes codant pour les entérotoxines A, B, C, D, E, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, U, et R dans des expériences de microréseau d’ADN, isolats ont été étudiés avec un oligonucléide décrit précédemment micropuce de leotide

Déclaration d’éthique

Les isolats ont été obtenus à partir d’échantillons cliniques dans le cadre des études annuelles de surveillance réalisées conformément aux recommandations françaises en matière de santé. L’approbation éthique de ces études de surveillance a été obtenue au niveau national auprès du Réseau Alerte Investigation Surveillance des Infections Nosocomiales

RÉSULTATS

Au cours de la période, des cas de S aureus BSI ont été diagnostiqués dans notre réseau et des isolats de% S aureus étaient disponibles pour analyse. Des profils PFGE SmaI ont été obtenus pour tous les isolats sauf%, qui ont été assignés à CC par MLST cancer. un profil PFGE similaire qui n’avait jamais été observé auparavant et qui a donc été soumis à MLST; Tous ont été assignés à la CCT. Les cas de bactériémies associées au CC ont été diagnostiqués dans différents hôpitaux, distants les uns des autres et sans lien épidémiologique. Deux cas étaient des bactériémies associées au BSI: un cas de BSI associé à l’urinaire chez un homme et un cas associé. avec une orchite chez un homme âgé atteint de diabète sucré Un troisième cas de BSI sans porte d’entrée reconnue a été identifié chez un homme d’un an. Le cas restant était une infection associée à un cathéter veineux central chez un homme âgé de un an. des antécédents de patients et des enquêtes épidémiologiques ont révélé une absence d’exposition à l’animal pour tous ces patients. Les isolats CC étaient tous de type II. Trois des isolats CC avaient le même profil de résistance seulement EryR, alors que le quatrième était sensible à tous les antibiotiques. non détecté Typage du spa identifié types de spa: t isolats, isolats, un type de station thermale attribué à un isolat de porc , et isolat Les isolats ont des séquences correspondant à nes codant pour les entérotoxines G, I, M, N, O et U, connues sous le nom de groupe egc. Par contre, elles n’avaient pas de séquences correspondant à lukS-PV et à lukF-PV, codant pour la leucocidine Panton-Valentine; tst, codant la toxine du syndrome de choc toxique; les gènes eta et etb, codant pour les exfoliatines A et B, respectivement; ou les gènes codant pour les entérotoxines A, B, C, D, E, H, J, K, L, P, Q, et RGiven le profil PFGE similaire obtenu, l’analyse microarray a été effectuée pour les isolats CC Les données de Microarray ont été comparées pour les souches de référence USA / CC, COL / ST et RF / ST et les isolats CC précédemment caractérisés Comme les souches de référence étudiées Figure, mais à la différence des isolats CC, les isolats BSI-CC ont des séquences correspondant aux gènes codant pour de nombreuses virulences staphylococciques facteurs, certains associés à divers îlots de pathogénicité et prophages: adhésine FnbA, opéron capsule, leucocidine S, entérotoxines A, B, C, G, H, I, K, L, M, N, O et P, superantigènes SET et SET , proteases SplE et SplD, et staphylokinase Ils contenaient également l’épiD du gène lantibiotic epidermin / gallidermin généralement hébergé par des isolats virulents et avait un système de restriction-modification complet de type I hsdS-hsdR, qui joue un rôle clé dans la limitation du transfert horizontal de gènes , le CC isole h caractéristiques communes avec les isolats CC: ils hébergeaient le gène cna codant le collagène-adhésine associé aux souches colonisatrices et impliqué dans la pathogenèse de l’ostéomyélite et de l’arthrite infectieuse, et le gène codant la protéine inhibitrice de la chimiotaxie CHIPS, qui protège S aureus des humains l’immunité innée

Figure Vue largeDownload slideMicroarray data pour les facteurs de virulence, obtenus avec les isolats CC, les isolats CC et les souches de référence RF, COL et USA Abréviation: S aureus, Staphylococcus aureusFigure Voir grandDownload slideMicroarray data pour les facteurs de virulence, obtenus avec les isolats CC, isolats CC et souches de référence RF, COL et USA Abréviation: S aureus, Staphylococcus aureus

DISCUSSION

Dans un environnement de LA, les souches de S. aureus résistant à la méthicilline CC résistant à la méthicilline colonisent facilement et infectent les humains Mais jusqu’à présent, dans un environnement exempt d’animaux, CC est une lignée mineure associée à un portage nasal rare et des infections sanguines chez l’homme. Dans un contexte d’incidence croissante de S aureus BSI , et suite à l’émergence récente d’une nouvelle lignée S aureus MSSA sensible à la méthicilline CC, non CC LA, provoquant des infections sévères chez les patients sans exposition aux animaux , nous rapportons l’émergence d’une seconde lignée MSSA S aureus, non-LA LA, responsable des BSI humains sévères dans un environnement exempt d’animaux. Les isolats de LA sont de type agr II et possèdent un cluster egc, mais sont génétiquement divers, comme le montre leurs types de spa principalement t, t et t, les profils de sensibilité aux antibiotiques et, pour SARM, leurs éléments SCCmec Nos isolats CC étaient également de type II et contenaient le groupe EGC, mais ils restaient sensibles à la plupart des antibiotiques actuellement utilisés. , notre CC non-LA les isolats avaient plusieurs caractéristiques en commun avec les souches non-LA émergentes réussies. Premièrement, les isolats CC avaient le même profil de résistance seulement. EryR MSSA Deuxièmement, ils avaient le gène chp spécifique de l’humain, un gène d’origine phage aureus responsable d’infections humaines graves, et récemment identifié comme marqueur d’un prophage bêta-convertissant porteur d’une grappe d’évasion immunitaire associée à des isolats non-LA LA La présence concomitante de ce prophage dans des isolats non-LA LA et dans des Les isolats LA CC soulèvent des questions sur la contribution du transfert horizontal à la virulence de ces isolats, identifiés initialement comme des agents pathogènes animaux stricts. L’émergence simultanée d’infections invasives dues aux CC et aux CC chez les humains sans exposition aux animaux suggère un changement épidémiologique rapide. lignées aureus à l’origine clairement associées au bétail Des isolats CC ont été isolés à partir d’aliments aux Pays-Bas et en Allemagne , le rôle potentiel des produits alimentaires fabriqués à partir de bétail et la voie de transmission aux patients sans exposition animale devraient être étudiés plus en détail.Contrairement aux isolats CC dépourvus de plusieurs facteurs de virulence associés à S aureus cliniquement importants , les isolats BSI CC étudiés ici étaient similaires aux souches virulentes de S aureus, avec de nombreux gènes de virulence concordant avec les observations précédentes , ce qui suggère fortement que les isolats non LA LA ont un potentiel de virulence considérable, même supérieur à celui des souches non LA LA. En outre, un isolat CC portant le gène de résistance multiple aux médicaments cfr a récemment été décrit , suggérant que ce clone peut facilement acquérir des déterminants de résistance génétique par transfert horizontal. Nos données soulignent les avantages d’une stratégie de surveillance active pour la détection précoce. de nouveaux clones responsables d’infections invasives chez l’homme adaptées à leur hôte et à En outre, compte tenu des caractéristiques spécifiques de la teneur génomique des isolats de non CC LA décrits ici, ces résultats indiquent qu’il est nécessaire de mener des enquêtes actives pour étudier et contrôler la propagation de ce clone CC chez les humains.

Remarques

Remerciements Nous remercions Antonio Oliver pour le don d’un isolat de S aureus cfr-positif. Les membres du groupe d’étude des infections sanguines du Réseau des Hygiénistes du Centre sont: Amirault Vierzon, M Archambault Pithiviers, MN Bachelier Bourges, D Bloc Tours, M Boucher Chateaudun, B Cattier Amboise, C Chandesris Amilly Montargis, V Chevereau La Chaussée St Victor, G Courouble Chateauroux, MC Courtin Amboise, C Decreux Châteauroux, Tours C de Gialluly, C Denis Loches, F Deperrois Chinon, C Fièvre Le Blanc, P Foloppe Loches, F Fongauffier Chateaudun, R Fournier-Hoock Amilly Montargis, Tours N Girard, T Gourdet La Chaussée St Victor, JL Graveron Fleury Les Aubrais, F Grobost La Ferté Bernard, MF Guillon Châteauroux, F Guinard Bourges, P Harriau St Amand Montrond, C Hombrouck-Alet Blois, Vendôme, Romorantin, D Imbault Vendôme, D Jehanno Fleury Les Aubrais, MJ Kourta Chateaudun, O Laurent St Doulchard, O Lehiani Vierzon, Bourges, St Amand Montrond, A Lepineux da Rocha S t Amand Montrond, AL Lesimple Vendôme, X Louvier Gien, V Michel Le Blanc, V Morange Tours, E Morel-Desjardins Bourges, E Morin Orléans, C Naudion Romorantin, D Narbey Blois, C Neveu Dreux, O Paba Vendôme, F Périgois Le Blanc, G Petit le Gouas Nogent Le Rotrou, D Poitvin Chinon, M Prévost-Oussar Pithiviers, D Ratovohery Châteauroux, B Rousseau Gien, A Roussin Orléans, A Secher Dreux, et S Watt ChinonFinancement financier Ce travail a été soutenu par le Centre de Coordination de la Lutte contre les Infections Nosocomiales de l’Ouest de la France, l’Agence Régionale de Santé du Centre et le Centre Hospitalier Universitaire de Tours, France Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: Aucun conflit signaléTous les auteurs ont soumis le Formulaire ICMJE pour la divulgation de Conflits d’intérêts potentiels Les conflits que les éditeurs jugent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués