Performance des tests d’amplification des acides nucléiques pour le diagnostic de la tuberculose dans un grand milieu urbain

Contexte Un diagnostic de tuberculose TB repose sur des bacilles acido-alcooliques AFB frottis et culture Deux tests rapides utilisant l’amplification des acides nucléiques NAA ont été approuvés par la Food and Drug Administration américaine pour le diagnostic de TB basé sur la détection de Mycobacterium tuberculosis à partir d’échantillons obtenus des voies respiratoires Nous avons évalué la performance des tests NAA dans des conditions de terrain dans un grand milieu urbain avec une prévalence modérée de la tuberculose. Méthodes Les dossiers médicaux des patients suspects de TB pendant – ont été revus. début de traitement de la TB La sensibilité, la spécificité et les valeurs prédictives positive et négative PPV et NPV ont été respectivement évaluées. Résultats La proportion de patients avec TB confirmée ou suspectée dont les échantillons respiratoires ont été testés par NAA a augmenté de% à % de patients en; Les tests NAA chez les patients dont les échantillons de voies respiratoires testés positifs pour AFB ont augmenté de% des patients à% des patients dans P & T; pour les deux tendances Parmi les patients évalués pour TB pulmonaire,% avaient des échantillons positifs pour AFB sur frottis Parmi ces patients,% avaient des résultats de tests positifs Parmi ces patients,% ont été confirmés avoir une tuberculose Pour% des patients dont les échantillons ont été testés positifs pour un frottis, le test NAA avait une sensibilité de%, une spécificité de%, une VPP de% et une VAN de% Pour les patients dont les échantillons ont été testés négatifs pour les BAAR sur frottis, le test NAA avait une sensibilité de%, une spécificité de%, une VPP de VAN de%, respectivement Pour les échantillons positifs pour les BAAR par frottis, nous avons trouvé une sensibilité, une spécificité, une VPP et une VAN de%,%,% et%, respectivement. Un frottis de haut grade était associé à une meilleure performance. Les tests NAA ont été utiles pour déterminer si les patients dont les frottis de BAAR étaient positifs pour les frottis étaient TB ou non Cette conclusion appuie l’utilisation de ce test pour le diagnostic précoce de la TB pulmonaire et extrapulmonaire.

Au milieu des années, la Food and Drug Administration des États-Unis a approuvé des tests de diagnostic rapide – le test amplifié Mycobacterium tuberculosis MTD Gen-Probe et le test Amplicor M tuberculosis Roche Diagnostics – qui utilisent l’amplification de l’acide nucléique NAA pour le diagnostic de tuberculose tuberculeuse chez les patients La Food and Drug Administration des États-Unis a approuvé le test MTD pour l’utilisation sur des échantillons prélevés sur les voies respiratoires qui ont été testés négatifs pour les BAAR sur frottis L’American Thoracic Society estime que les échantillons d’expectoration sont positifs pour les bacilles acido-alcoolo-résistants. que les tests NAA sont un ajout significatif aux outils diagnostiques disponibles pour la détection de la tuberculose, en particulier chez les patients ayant une tuberculose pulmonaire possible, à savoir les patients dont les échantillons d’expectoration sont positifs pour les frottis . dans des endroits comme New York, parce que la ville a une prévalence relativement élevée de la tuberculose et abrite de grandes populations immigrantes, Par conséquent, des décisions doivent être prises rapidement en ce qui concerne le traitement et / ou l’isolement respiratoire des patients TB. Dans les études de petite à moyenne taille , l’utilisation des tests NAA pour le diagnostic rapide du complexe M tuberculosis a été évaluée à l’aide d’échantillons provenant des voies respiratoires et d’autres sites corporels. Pour les échantillons de voies respiratoires testés positifs pour les BAAR, certains auteurs ont signalé des sensibilités de test de% -%, des spécificités de% -%, des valeurs prédictives positives -%, et valeurs prédictives négatives VAN de & gt;% [-, -,,,,] Bien que les tests NAA aient une sensibilité plus faible pour les échantillons des voies respiratoires testés négatifs pour les frottis AFB, comparés aux échantillons des voies respiratoires testés positifs pour les BAAR sur le frottis, la sensibilité était plus élevée que celle rapportée en utilisant la microscopie AFB et était proche de celle rapportée en utilisant la culture mycobactérienne [,,,,,] En outre, plusieurs études ont montré les avantages de la NAA pour les tests Spécimens prélevés sur des sites autres que les voies respiratoires Évaluations du test NAA pour utilisation sur des échantillons tissulaires Pleural, poumon, ganglion lymphatique, biopsie du foie, moelle osseuse et fluides corporels Système nerveux central, pleural, ascitique, synovial, péricardique et péritonéal les fluides ont montré une sensibilité de% -%, une spécificité de -%, une VPP de% -% et une VAN de -% [, -,,,] Une étude a trouvé une sensibilité plus faible parmi les échantillons de biopsie pleurale. L’étude évalue rétrospectivement la performance des tests NAA chez les patients évalués pour TB dans un grand milieu urbain par plusieurs laboratoires de mycobactériologie dans une situation réelle, en utilisant les informations entrées dans le registre de TB de la Santé et de l’Hygiène Mentale de la ville de New York. devaient décrire les caractéristiques des patients dont les échantillons ont été testés au moyen de l’ANA et les facteurs associés à la décision d’effectuer un test d’AAN; calculer la sensibilité, la spécificité, la VPP et la VAN des tests NAA; et d’examiner la relation entre le résultat du test NAA, le résultat du frottis AFB et la qualité, et le résultat de la culture, par patient, pour la détection du complexe M tuberculosis

Méthodes

Le diagnostic de la tuberculose a été confirmé par la définition de cas clinique ou de laboratoire des Centers for Disease Control. Données Notre analyse reposait sur des données de surveillance de routine du registre TB du Bureau of Tuberculosis Control, qui incluaient des données sociodémographiques, cliniques, et données de laboratoire Le type de test NAA effectué n’est pas enregistré dans le registre TB La plupart des tests NAA à New York sont effectués avec le test MTD; les laboratoires de santé publique de la ville et des États utilisent respectivement le test MTD% et% du temps et effectuent la majorité des tests qui ont eu lieu au cours de la période d’étude; un pourcentage supplémentaire de tests a été effectué dans plusieurs laboratoires privés, tous utilisant le test MTD. Le reste des tests a été effectué soit dans des laboratoires situés à l’extérieur de la ville, soit dans des laboratoires qui n’étaient pas enregistrés dans le registre. respecter les normes de mycobactériologie du Département de la santé de l’État de New York pour le frottis et la culture des BAAR On a supposé que les tests NAA étaient effectués conformément aux recommandations du fabricant. Les laboratoires de New York City doivent déclarer tous les résultats d’analyse positifs identifiant les BAAR ou le complexe M tuberculosis et tous les résultats d’analyse négatifs associés à des résultats positifs, comme les résultats négatifs d’un test NAA sur un échantillon positif au test AFB sur frottis. New York, les frottis interprétés comme non concluants sont considérés comme positifs pour les AFB, pour le traitement des patients, Ils ont donc été regroupés avec des frottis interprétés comme positifs pour les BAAR dans notre analyse des résultats des frottis. Analyse statistique L’analyse des données a été stratifiée en fonction de la source de l’échantillon, à savoir les sources respiratoires et les autres sources. inclus expectorations, trachée, bronches et / ou bronchioles, liquide bronchique et tissu pulmonaire Les sources d’échantillons provenant d’autres parties du corps comprenaient le liquide céphalorachidien, le tissu lymphatique, l’aspiration gastrique et le liquide pleural et péritonéal, dont au moins des échantillons étaient disponibles pour analyse des performances des testsPour les cas de TB pulmonaire, nous avons analysé la performance du test NAA par les caractéristiques globales du patient puis en stratifiant les patients en patients à frottis positif et à frottis négatif. Les données catégorielles ont été comparées par χtest Pour déterminer quels facteurs prédisaient l’utilisation des tests NAA chez les patients suspects de tuberculose pulmonaire, modèles de régression logistique multivariée Les sensibilités, spécificités, VPP et VPN ont été calculés pour les tests NAA effectués chez les patients ayant des Nombre de patients, quel que soit le nombre de spécimens prélevés pour les tests La NAA a été évaluée en comparant les résultats des tests NAA aux normes or du diagnostic de TB: culture positive pour M tuberculosis et combinaison de critères biologiques et de laboratoire pour confirmer la TB, selon la définition de cas de TB par les Centres de contrôle et de prévention des maladies Pour déterminer s’il y avait des différences dans la performance des tests chez les patients qui ont été évalués pour la TB pulmonaire sur la base de & gt; spécimen, nous avons examiné la performance de NAA pour le même spécimen testé positif par frottis et / ou culture et pour différents spécimens non testés antérieurement Nous avons également examiné la corrélation entre culture positive pour le complexe M tuberculosis – sur la base de la catégorie de frottis c.-à-d., le nombre de bacilles par champ de forte puissance par utilisation de la microscopie AFB et le résultat du test NAA Une catégorie faible était définie comme étant soit les bacilles étaient rares, soit les bacilles étaient peu nombreux, et une haute teneur était définie comme c.-à-d., il y avait un nombre modéré de bacilles ou c.-à-d. de nombreux bacilles Les résultats de frottis non concluants n’ont pas été inclus dans l’analyse des frottis, car ils ont été rapportés de façon incohérente. nous avons calculé la performance de NAA sur la base des échantillons testés, en utilisant, pour comparaison, les résultats de culture AFB comme l’étalon-or et en incluant seulement les patients qui avaient Ulture résultat positif pour M tuberculosis Nous avons examiné et stratifié les résultats sur la base de savoir si les patients avaient NAA et AFB culture réalisée sur le même spécimen ou sur un échantillon différent et n’a trouvé aucune différence de performance; par conséquent, nous avons analysé tous les résultats des tests, indépendamment du fait que NAA et AFB culture ont été effectuées sur le même spécimen ou spécimen différent L’étude a été examinée et approuvée par le Département de la Santé et de l’Hygiène Mentale de la ville de New York. Planches

Résultats

Au cours de la période d’étude, il y avait un patient qui avait reçu un diagnostic confirmé de tuberculose et des patients pour lesquels un diagnostic de TB avait été finalement exclu. Test de dépistage de la tuberculose en prélevant des échantillons sur d’autres parties du corpsTesting des échantillons prélevés sur les voies respiratoires des patients La proportion de patients atteints de tuberculose confirmée ou suspecte dont les échantillons respiratoires ont été testés par AAN a augmenté de% à % de patients en; Les tests NAA chez les patients dont les échantillons de voies respiratoires testés positifs pour AFB a augmenté de% des patients à% des patients dans P & lt; pour les deux tendances, les patients étaient évalués pour TB pulmonaire,% avaient des échantillons positifs pour AFB sur frottis. Parmi ces patients,% ont eu des résultats positifs. Parmi ces patients,% ont été confirmés avoir un taux de TB. En outre,% des patients dont les échantillons étaient positifs pour AFB sur frottis ont finalement été trouvés ne pas avoir TB Parmi les patients dont les prélèvements étaient positifs pour les frottis AFB mais qui n’ont pas reçu de diagnostic confirmé de diagnostic de TB,% ont eu des résultats négatifs aux tests NAA

Figure View largeTélécharger la diapositiveDistribution de l’amplification des acides nucléiques Résultats des tests NAA et bacilles acido-alcooliques Résultats des frottis AFB pour les échantillons prélevés sur les voies respiratoires des patients suspects de tuberculose tuberculeuse à New York pendant la période suivante. Les résultats de frottis de BAAR pour des échantillons prélevés sur les voies respiratoires de patients suspects de tuberculose tuberculeuse à New York pendant – Les patients étaient pour la plupart des adultes, des hommes, des non-blancs et nés dans des pays autres que les États-Unis. Les analyses multivariées de tous les patients évalués pour la TB ont indiqué que les patients suivants étaient statistiquement significativement plus susceptibles d’avoir subi une AAN sur leurs échantillons: patients féminins P =; Patients hispaniques P =; patients noirs, non hispaniques P =; patients dont les échantillons ont été testés positifs pour les BAAR sur frottis P & lt ;; patients présentant une radiographie thoracique anormale et / ou cavitaire P & lt; ou une radiographie thoracique anormale et / ou non cavitaire P & lt ;; les patients qui ont été employés par Eqn P & lt ;, sans-abri P =, et / ou les utilisateurs d’alcool P =; et les patients vus dans les hôpitaux privés P = Les patients vus par des médecins privés non affiliés à un hôpital P = étaient moins susceptibles de subir une AAN sur leurs spécimens Les patients qui étaient des consommateurs de drogues n’étaient pas plus susceptibles que les autres l’AAN a été effectuée sur leurs échantillons dans un modèle multivarié distinct pour les patients dont les échantillons étaient positifs pour les BAAR sur frottis, les patients hispaniques et noirs non hispaniques, les patients avec une radiographie thoracique cavitaire anormale ou non, les patients qui avaient un statut VIH inconnu, et les patients sans abri, alcooliques et / ou vus par un médecin privé étaient plus susceptibles d’avoir subi une AAN sur leur spécimen de données non montrées. Dans le modèle avec seulement les patients dont les échantillons étaient négatifs pour les frottis, les femmes, le VIH -Les patients positifs, les patients avec un statut VIH inconnu, et les patients qui étaient employés et / ou ont été traités dans un hôpital public ou par un médecin privé étaient plus li kely d’avoir un test NAA effectué; en revanche, les patients avec une radiographie pulmonaire anormale n’étaient pas plus susceptibles que ceux sans une radiographie thoracique anormale d’avoir subi une AAN sur leurs échantillons.

Tableau View largeTélécharger les caractéristiques démographiques et cliniques des patients avec des échantillons respiratoires pulmonaires suspectés et confirmés testés à New York pendant la période de test pour les patients avec des échantillons respiratoires pulmonaires suspectés et confirmés testés à New York patients ayant reçu un diagnostic confirmé de tuberculose sur la base d’un résultat de culture positif ou de critères cliniques, le test NAA avait une sensibilité de%, une spécificité de%, une VPP de% et une VAN de% Pour les patients dont les test positif pour AFB sur frottis, le test NAA avait une sensibilité de%, une spécificité de%, un PPV de%, et un NPV de% tableau Pour les patients dont les échantillons testés négatifs pour AFB sur frottis, le test NAA avait une sensibilité de%, une spécificité de%, une VPP de% et une VAN de%

DiapositiveTaille sur la performance des tests d’amplification des acides nucléiques des échantillons de voies respiratoires pour le complexe Mycobacterium tuberculosis à New York pendant la phase de testTaille des données sur la performance des tests d’amplification des acides nucléiques des échantillons de voies respiratoires pour le complexe Mycobacterium tuberculosis Pour les patients ayant reçu un diagnostic confirmé de tuberculose sur la base d’un résultat de culture positif, le test NAA avait une sensibilité de%. Pour les patients dont les échantillons ont été testés positifs pour le frottis, le test NAA avait une sensibilité de le test NAA avait une sensibilité de% table. En outre, pour les patients dont les échantillons ont été testés positifs pour AFB sur frottis et qui ont finalement été confirmés ne pas avoir TB, le test NAA avait une spécificité de % Données sur la performance du test NAA, c’est-à-dire les mesures de performance dans les laboratoires où la plupart des La sensibilité des tests NAA était plus élevée pour les patients dont les échantillons avaient un frottis de haut grade que pour les patients dont les échantillons présentaient un frottis de bas grade. les patients dont les échantillons présentaient un frottis de haut grade et une culture positive pour le M tuberculosis, soit l’étalon-or du diagnostic de TB, le test NAA avait une sensibilité de%, une spécificité de% et une VPP de% Pour les patients dont avait un frottis de bas grade et une culture positive pour M tuberculosis, le test NAA avait une sensibilité de%, une spécificité de%, et un PPV de% table

Table View largeTélécharger les données sur la performance des tests d’amplification des acides nucléiques des échantillons obtenus auprès de patients ayant également des échantillons positifs pour des bacilles acido-alcoolo-résistants à des frottis à New York pendant -, par catégorie de frottisTable View largeTélécharger des données sur la performance des nucléiques essai d’amplification d’acide de spécimens obtenus de patients ayant également des échantillons positifs pour des bacilles acido-alcoolo-résistants à frottis à New York pendant – par grade de frottis Comparé à l’utilisation de microscopie de frottis AFB, l’utilisation de tests NAA a grandement amélioré la prévisibilité des résultats de la culture AFB pour le diagnostic de la tuberculose Indépendamment des résultats des tests NAA effectués sur leurs échantillons,% de patients ayant un échantillon avec un frottis de bas grade et% de patients ayant un échantillon avec un frottis de haut grade avait un spécimen testé positif pour M tuberculosis en culture. En comparaison,% des patients qui avaient un échantillon positif à la tuberculose en l’échantillon d’un frottis de bas grade avait également un spécimen testé positif à la tuberculose M en culture, et un pourcentage de patients dont le spécimen était positif à la tuberculose à l’aide de l’ANA et qui avaient un spécimen un frottis de haut grade a également eu un spécimen testé positif à la tuberculose M sur culture

Figure Vue largeTélécharger un graphique comparant les patients testés positifs à Mycobacterium tuberculosis à New York pendant, par bacille acido-basique et amplification d’acide nucléique. Statut NAA Pour plus de détails sur les frottis, voir Méthodes. Statut de l’AAN Pour plus de détails sur les grades de frottis, voir Méthodes Résultats des tests faussement positifs et faux négatifs Les tests de l’AAN ont donné lieu à des résultats faussement positifs et faussement négatifs. Résultats Avec l’utilisation du diagnostic global de la TB comme comparaison, les patients présentaient des résultats de tests NAA faussement positifs, résultant en un taux de faux positifs de%. Parmi les patients qui avaient un échantillon avec un frottis de haut grade, il y avait seulement -résultats positifs, résultant en un taux de faux-positifs de% En revanche, il y avait des patients avec des résultats faussement négatifs pour un taux de faux négatifs de% et de patients avec des résultats faussement négatifs lorsque la culture a été utilisée comme étalon-or pour un taux de faux-négatifs de%; le taux de faux négatifs a encore diminué, en% global chez les patients ayant un frottis de haut grade et chez les patients ayant un frottis de haut grade et dont le résultat de culture était positif pour la culture de l’AFB, c’est-à-dire l’or Patients standard atteints de TB extrapulmonaire Pendant la période d’étude, les patients ont été évalués pour une TB extrapulmonaire en testant des échantillons prélevés sur des sites corporels autres que les voies respiratoires. Des échantillons ont été testés en utilisant des cultures NAA et AFB. par culture et NAA, échantillons d’aspiration gastrique testés par culture et NAA, échantillons de liquide pleural testés par culture et NAA, échantillons de liquide péritonéal testés par culture et NAA, et échantillons de liquide céphalo-rachidien testés par culture et NAA Pour les échantillons testés par NAA, nous avons trouvé une sensibilité globale, une spécificité, une VPP et une VAN de%,%,% et%, respectivement, pour les spécimens testés positifs pour A FB par frottis, nous avons trouvé une sensibilité, une spécificité, une VPP et une VAN de%,%,% et%, respectivement. Pour les échantillons testés négatifs pour les BAAR par frottis, nous avons trouvé une sensibilité, spécificité, VPP et VAN de% ,%,% et%, respectivement Comme indiqué dans le tableau, les performances des tests NAA varient selon le type d’échantillon testé

Tableau View largeTélécharger slidePerformance de l’amplification des acides nucléiques Test NAA des échantillons de patients obtenus à partir de sites corporels autres que les voies respiratoires, comparé à la positivité de la culture, à New York pendant le test. à partir de sites corporels autres que les voies respiratoires, par rapport à la positivité de la culture, à New York pendant –

Discussion

Par conséquent, un résultat négatif au test NAA, en soi, ne doit pas être utilisé pour exclure un diagnostic de TB chez des patients chez lesquels il y a une forte suspicion de TB. Notre étude rétrospective n’a pas pu évaluer la présence d’inhibiteurs ou l’adéquation des échantillons. Il est à noter que chez les patients ayant un frottis de haut grade, le taux de résultats faux négatifs a diminué à%. Par conséquent, nous croyons qu’un résultat de test NAA négatif est cohérent avec une faible probabilité de tuberculose En revanche, le taux de résultats faussement positifs était globalement faible, à savoir, & gt;% Les raisons des résultats faussement positifs de l’analyse NAA ne sont pas claires et comprennent une possible contamination des échantillons au laboratoire. frottis et un résultat positif au test de l’AAN est fortement associé à la TB active, car il n’y a eu que des cas de résultats faussement positifs dans ce groupe. Une autre limite est que les résultats négatifs des tests NAA peuvent ne pas avoir Cependant, nous pensons que le fait de ne pas rapporter des résultats négatifs au test NAA est peu fréquent, en particulier chez les patients dont les échantillons ont été testés positifs pour le BAAR sur frottis. inclure la nature rétrospective de l’étude, qui a empêché l’étude de la corrélation avec les symptômes présentés, et la variabilité dans la lecture des résultats de frottis AFB, ce qui peut conduire à la classification erronée de l’état de frottis de certains patients. expérience naturelle dans laquelle un grand nombre de patients ont été étudiés dans un cadre de programme TB; Seuls quelques laboratoires ont pratiqué l’AAN et les résultats ont été cohérents avec ceux rapportés dans d’autres études. Bien que la valeur des tests NAA pour un diagnostic rapide de TB soit claire, le test reste sous-utilisé New York City a un grand nombre de patients qui ont Les résultats des tests NAA ont été très appréciés. Nos résultats sont conformes aux nouvelles directives du Centre de contrôle et de prévention des maladies et soutiennent ce qui suit: Utilisation des résultats des tests NAA pour la prise en charge du patient: Un résultat positif au test NAA en association avec un frottis AFB-positif, le patient présentant des symptômes cliniques compatibles avec la tuberculose, est hautement prédictif de la tuberculose. Ces patients doivent recevoir des médicaments antituberculeux. des précautions doivent être prises et une étude des contacts exposés pour une éventuelle transmission de la tuberculose doit être effectuée. Une culture mycobactérienne est toujours De même, il est recommandé de demander des tests NAA pour les patients dont les échantillons ont été testés négatifs pour les frottis mais qui sont fortement suspectés d’être atteints de tuberculose, car un résultat positif pour ces patients justifie le début du traitement. TB Un résultat de test NAA négatif pour un patient dont le spécimen testé positif pour AFB sur frottis indique que les BAAR sont probablement des mycobactéries non tuberculeuses En général, l’isolement respiratoire du patient et une enquête de contact peut être interrompue; le traitement de la tuberculose peut être interrompu ou poursuivi, selon les signes cliniques et les symptômes du patient. Toutefois, dans les cas où la suspicion clinique de tuberculose demeure élevée et le patient sera libéré dans un milieu à risque élevé, par exemple un Le résultat d’un test NAA négatif pour un patient dont le spécimen est négatif pour le BAAR sur frottis et pour lequel la suspicion clinique de TB est faible indique une faible probabilité de tuberculose active et suggère que le traitement pour La TB peut être retardée Un résultat négatif au test NAA chez un patient dont les échantillons d’expectoration positifs au test AFB sur frottis peuvent être utilisés pour interrompre une investigation sur les contacts exposés pour une éventuelle transmission de TB et pour interrompre l’isolement aérien.En résumé, les résultats de notre étude sur la performance des tests NAA pour le diagnostic de la TB dans ce grand milieu urbain corroborent l’intérêt d’utiliser les tests NAA de manière fiable et rapide. y Identifier les patients atteints de tuberculose pulmonaire La sensibilité, la spécificité et les valeurs prédictives du test en situation réelle étaient élevées chez les patients dont le frottis de BAAR était positif pour le frottis et qui étaient à un niveau acceptable pour les patients En mai, le ministère de la Santé de l’État de New York a mis à jour ses lignes directrices sur la mycobactériologie afin de rendre obligatoire le test de l’AAN sur tous les échantillons initialement testés positifs pour les frottis . Les centres pour le contrôle et la prévention des maladies ont mis à jour leurs lignes directrices pour recommander des tests NAA sur des échantillons prélevés dans les voies respiratoires de patients suspectés de tuberculose pulmonaire

Remerciements

Nous remercions Mme Shama Ahuja pour avoir révisé le manuscrit et Mme Yelena Shuster pour l’assistance dans la préparation de la base de donnéesPerspectives d’intérêts potentielles Tous les auteurs: aucun conflit