Domination intestinale et risque de bactériémie chez les patients subissant une greffe allogénique de cellules souches hématopoïétiques

Contexte La bactériémie est une complication fréquente de la greffe allogénique de cellules souches hématopoïétiques allo-HSCT On ne sait pas si les modifications du microbiote intestinal au cours de l’allo-HSCT contribuent au développement de bactériémies Nous avons examiné le microbiote des patients subissant l’allo-HSCT et les modifications microbiennes Le microbiote intestinal a été caractérisé par 454 pyroséquençage de la région V1-V3 des gènes de l’ARN ribosomique 16S bactérien. La diversité microbienne a été estimée par: regroupement des séquences en unités taxonomiques opérationnelles et calcul de l’indice de diversité de Shannon La classification phylogénétique a été obtenue en utilisant le classificateur Ribosomal Database Project Les associations du microbiote avec des prédicteurs cliniques et les résultats ont été évaluésRésultats Au cours de l’allo-HSCT, les patients ont développé Changements marqués dans les populations bactériennes habitant l’intestin La domination intestinale, définie comme l’occupation d’au moins 30% du microbiote par un seul taxon bactérien prédominant, s’est produite fréquemment. Principaux organismes dominants inclus Enterococcus, Streptococcus, et diverses Proteobacteria La domination entérocoque a été augmentée 3- En raison de sa prédiction des résultats, la domination entérococcique a multiplié par 9 le risque de bactériémie à Enterococcus résistante à la vancomycine et la domination protéobactérienne a augmenté le risque de bactériémie à bâtonnets Gram négatif. 5-foldConclusions Au cours de l’allo-HSCT, la diversité et la stabilité de la flore intestinale sont perturbées, entraînant une domination par les bactéries associées à une bactériémie subséquente L’évaluation du microbiote fécal identifie les patients les plus à risque d’infection sanguine pendant l’allo-HCST

La greffe allogénique de cellules souches hématopoïétiques allo-HSCT est un traitement potentiellement curatif pour toute une gamme de troubles malins et non cancéreux Le conditionnement pré-transplantation élimine transitoirement les granulocytes circulants et les monocytes et accroît nettement la susceptibilité aux infections disséminées [1, 2] La barrière muqueuse est également une complication d’allo-HSCT et permet aux microbes commensaux d’envahir les tissus sous-jacents et la circulation sanguine [3] En conséquence, les infections bactériennes systémiques sont fréquentes pendant la période de transplantation précoce [4-6] Enterococcus ERV résistant à la vancomycine, Streptococcus viridians et aérobie Les bactéries gram-négatives sont les causes les plus fréquentes d’infection sanguine après allo-HSCT [5-8] Pourquoi certains patients développent une bactériémie alors que d’autres ne le sont pas Les populations microbiennes complexes colonisant l’intestin humain fournissent une résistance à l’infection Le microbiote intestinal sert également de sanctuaire pour les bactéries hautement résistantes aux antibiotiques [9] Pri ou des études utilisant des méthodes de culture in vitro ont caractérisé des populations microbiennes habitant l’intestin [10]; plus récemment, le pyroséquençage massivement parallèle des gènes codant pour l’ARN ribosomique de l’ARN ribosomique 16S a permis de mieux comprendre la composition et la complexité du microbiote intestinal en identifiant des taxons bactériens qui ne sont pas facilement cultivés in vitro [11-14] Ces approches ont démontré les changements de composition et résilience du microbiote intestinal d’individus sains après un traitement antibiotique [12] Des études sur des souris ont montré des changements dramatiques dans le microbiote de l’iléon et du caecum après un traitement antibiotique et une expansion spectaculaire des microbes résistants aux antibiotiques tels que l’entérocoque résistant à la vancomycine. L’expansion intestinale de l’ERV suite à un traitement antibiotique est également observée chez les humains, avec des épisodes de dominance ERV chez les patients subissant une allo-CSCT précédant le développement d’une bactériémie ERV chez 2 patients [15]. administration d’antibiotiques sur le tractus gastro-intestinal microbiote est inconnue, nous avons caractérisé le microbiote fécal des patients subissant une greffe à plusieurs points de temps en utilisant 454 pyroséquençage des gènes de l’ARNr 16S Dépôt de données: 454 lectures de pyroséquençage ont été déposés dans le Centre national de Biotechnologie Information Sequence Read Archive

Méthodes

Étude des patients et prélèvement de spécimens

Les sujets étaient des patients adultes subissant une allo-HSCT au Memorial Sloan-Kettering Cancer Center MSKCC, du 4 septembre 2009 au 4 août 2011 Des échantillons fécaux ont été prélevés longitudinalement de chaque patient pendant leur hospitalisation pour chaque patient. conditionné avant la transplantation jusqu’à 15 jours avant la perfusion de cellules souches et continué jusqu’à 35 jours après la transplantation ou à la sortie de l’hôpital, selon la date la plus tardive du fait de la variabilité attendue chez les patients. s’ils n’ont pas fourni au moins 1 spécimen avant la transplantation et au moins 2 spécimens entre la transplantation et 35 jours après la transplantation Le protocole d’étude a été approuvé par le comité d’examen institutionnel du MSKCC; consentement éclairé de tous les sujets avant la collecte des échantillons

Analyse de spécimen

Pour chaque spécimen fécal, l’ADN a été extrait et purifié et la région V1-V3 du gène ARNr 16S a été amplifiée par PCR en utilisant des amorces bactériennes universelles modifiées. Les produits de PCR purifiés ont été séquencés sur une plate-forme 454 GS FLX Titanium ont été compilés et traités en utilisant Mothur, version 120 [16] Les données de séquence ont été criblées et filtrées pour la qualité [17], puis alignées sur le gène complet de l’ARNr 16S, en utilisant comme matrice l’alignement de référence SILVA [18] La diversité microbienne a été estimée en calculant l’indice de diversité Shannon [19], ainsi que d’autres mesures de diversité pour comparaison. La classification phylogénétique au niveau du genre a été réalisée pour chaque séquence 16S en utilisant le schéma bayésien naïf du programme de base de données ribosomique [20] évaluer la présence d’ERV, des échantillons contenant ≥2% de séquences d’entérocoques ont été examinés pour la présence de la résistance à la vancomycine gene vanA voir Méthodes supplémentaires pour plus de détails

Analyses au niveau du patient

Nous avons évalué les tendances de la diversité microbienne au fil du temps en utilisant un filtrage moyen mobile. Les intervalles de confiance à 95% et les valeurs de P ont été calculés en utilisant le rééchantillonnage bootstrap dans chaque sujet.La classification phonétique a été utilisée pour décrire la composition intestinale de chaque sujet. [21] Les tendances de diversité et les analyses de classification hiérarchique ont été effectuées en utilisant Matlab, version 712Next nous avons déterminé si les variables cliniques étaient prédictives des changements dans les microbes. Dans nos observations antérieures [15], nous avons observé que certains patients allo-HSCT ont subi des changements dans la composition intestinale d’un microbiote diversifié à un qui était largement occupé par un seul taxon. Nous nous sommes référés à cela phénomène de domination intestinale et défini comme ayant eu lieu si un seul genre bactérien comprenait plus de 30% de séquences et était le taxon le plus abondant d’abord, nous avons examiné la domination intestinale comme un point d’intérêt microbien d’intérêt, en utilisant la régression des hasards proportionnels de Cox. évalués comme prédicteurs univariés de la domination: âge, sexe, diagnostic sous-jacent leucémie vs autre, réception d’antibiotiques antérieurs dans les 14 jours précédant le début de la période d’observation, intensité du régime de conditionnement myéloablative ou intensité réduite vs non myéloablative [23], cellules souches étaient ex vivo lymphocytes T appauvris [24], source de cellules souches donneur de sang périphérique vs sang de cordon ombilical, premier début de fièvre pendant la période d’observation, et administration d’antibiotiques vancomycine, métronidazole, fluoroquinolones et bêta-lactamines Fièvre et administration d’antibiotiques ont été analysés comme variables variables dans le temps, afin d’éviter les biais dépendant du temps Ensuite, nous avons de nouveau examiné dans Domination a été analysée comme un prédicteur variable de l’infection sanguine avec soit des ERV soit des bacilles Gram négatif aérobies. Afin d’éviter les problèmes de probabilité monotone pour les calculs d’estimation de paramètres, nous avons utilisé un maximum de vraisemblance pénalisé. pour tous les calculs de danger de Cox [25] Ces analyses ont été effectuées en utilisant R, version 215

RÉSULTATS

Caractéristiques du patient

Pendant la période d’étude, des échantillons fécaux ont été prélevés chez 113 patients lors de leur hospitalisation. Dix-neuf patients ont fourni des échantillons insuffisants, laissant 94 sujets à analyser. Aucune exclusion due à un décès précoce. Le délai de décharge était de 13 à 95 jours après la transplantation. , 21 jours Les caractéristiques cliniques des 94 patients sont énumérées dans le tableau 1 La plupart des patients greffés dans les 14 jours après la greffe Tous les patients ont reçu des antibiotiques pendant la période d’étude; en particulier, la vancomycine et les antibiotiques bêta-lactamines ont été administrés à la plupart des patients. Une infection de la circulation sanguine a été détectée chez 22 234% de ces patients, 9 étaient dus aux ERV et 10 étaient dus à des bactéries gram-négatives.

Tableau 1Caractéristiques des patients et cours de transplantation Paramètre N °% de patients Âge, années & lt 30 7 74 30-39 13 138 40-49 19 202 50-59 28 298 ≥60 27 287 Sexe Masculin 53 564 Femme 41 436 Diagnostic sous-jacent Leucémie 44 468 Lymphome 26 277 Myélome multiple 8 85 Syndrome myélodysplasique 12 128 Autre 4 43 Antibiotiques antérieurs dans les 14 jours précédant la période d’étude Non 52 553 Oui 42 447 Conditionnement Non-myéloablatif 16 17 Intensité réduite 21 223 Myéloablative 57 606 Appauvrissement en lymphocytes T Non 52 553 Oui 42 447 Source de cellules souches Sang périphérique 71 755 Cordon ombilical 23 245 Délai de prise de greffe, joursa, b & lt; 14 70 745 ≥14 24 255 Feverb Non 16 17 Oui 78 83 Antibiotiques administrés, c Vancomycine 85 904 Fluoroquinolone 33 351 Métronidazole 30 319 Bêta-lactamd 82 872 Infection sanguine b, e Vancomycine-resistan t Enterococcus 9 96 Bacilles à Gram négatif, aérobies 10 106 Autres organismes 3 32 Aucun 72 766 Statut vitalb Vivant 92 979 Morts 2 21 Total 94 100 Paramètre No% de patients Âge, années & lt; 30 7 74 30-39 13 138 40- 49 19 202 50-59 28 298 ≥60 27 287 Sexe Homme 53 564 Femme 41 436 Diagnostic sous-jacent Leucémie 44 468 Lymphome 26 277 Myélome multiple 8 85 Syndrome myélodysplasique 12 128 Autre 4 43 Antibiotiques antérieurs dans les 14 jours précédant la période d’étude Non 52 553 Oui 42 447 Conditionnement Non-myéloablatif 16 17 Intensité réduite 21 223 Myéloablative 57 606 Appauvrissement en lymphocytes T Non 52 553 Oui 42 447 Source de cellules souches Sang périphérique 71 755 Cordon ombilical 23 245 Temps de prise de greffe, joursa, b <14 70 745 ≥ 14 24 255 Feverb Non 16 17 Oui 78 83 Antibiotiques administrés, c Vancomycine 85 904 Fluoroquinol un 33 351 Metronidazole 30 319 Bêta-lactamd 82 872 Infection sanguine b, Enterococcus résistant à la vancomycine 9 96 Bacilles à Gram négatif, aérobies 10 106 Autres organismes 3 32 Aucun 72 766 Statut vitalb Vivant 92 979 Morts 2 21 Total 94 100 a Engraftment was défini comme un nombre absolu de neutrophiles de> 500 cellules / μL pendant 3 jours consécutifs b Évalué lors de l’hospitalisation de transplantation de cellules souches hématopoïétiques allogéniques, de 15 jours avant transplantation à 35 jours après transplantation Les variables antibiotiques ne s’excluent pas mutuellement et ne totalisent pas 100% Les bêta-lactamines comprennent les céphalosporines, les bêta-lactamines bêta-lactamases et les carbapénèmes. Les valeurs de bactériémies positives ne correspondent pas aux définitions standard d’une infection sanguine confirmée en laboratoire, p. ex. une hémoculture positive unique pour le staphylocoque à coagulase négative. [44] ont été exclusVoir Grand

Prélèvement d’échantillons et séquences bactériennes obtenues

Un total de 439 échantillons fécaux ont été collectés, avec 3-8 échantillons par patient. A partir de ces échantillons, un total de 1 838 205 séquences codant pour l’ARNr 16S de haute qualité ont été identifiées. Le nombre moyen de séquences obtenues par échantillon était de 4187, 852- 9862

Perte de la diversité microbienne après Allo-HSCT

Figure 1 Au cours de la période précédant la transplantation, l’indice de diversité Shannon moyen était d’environ 3-4, similaire aux valeurs observées chez les volontaires sains dans nos observations antérieures non montrées et les rapports précédents [12]. Au cours de l’allo-HSCT, l’indice moyen de diversité a diminué à environ 2 et est demeuré bas jusqu’à la fin de notre période d’observation. Des diminutions similaires ont été observées avec d’autres mesures de la diversité microbienne. Le métronidazole ou les bêta-lactamines ont connu des diminutions comparativement plus importantes de l’indice de diversité de Shannon Figure 2 supplémentaire

La diversité microbienne, quantifiée par l’indice de diversité de Shannon, a été calculée pour chaque spécimen fécal de chaque patient et reportée sur la journée des cercles de transplantation. Les intervalles de confiance à 95% montrés en gris ont été construits en utilisant un filtrage moyen mobile. Figure 1View largeDownload slideChangements dans la diversité microbienne dans le tractus intestinal pendant la greffe allogénique de cellules souches hématopoïétiques La diversité microbienne, quantifiée par l’indice de diversité Shannon, a été calculée pour chaque spécimen fécal de chaque patient. au cours de la journée des cercles de transplantation Une ligne de tendance noire pleine de diversité; Les intervalles de confiance de 95% indiqués en gris ont été construits en utilisant un filtrage de moyenne mobile

Développement de la domination intestinale

La composition microbienne de 12 patients sélectionnés au cours du temps, avec des épisodes simultanés de bactériémie et d’administration d’antibiotiques, est montrée à la figure 2A Chez certains patients, le microbiote reste relativement diversifié, ne subissant que de légères fluctuations de composition. un habitant abondant et semblait être associé à une administration réduite d’antibiotiques

Figure 2

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Caractérisation du microbiote intestinal lors de la transplantation de cellules souches hématopoïétiques allogéniques A, Taxonomie de 12 patients sélectionnés au niveau du genre, relevée le jour de la greffe Chaque barre empilée représente la composition microbienne d’un seul échantillon fécal, basée sur la classification taxonomique. Interpolation et visualisation des changements d’abondance relative L’administration concomitante d’antibiotiques vancomycine, fluoroquinolones, métronidazole et bêta-lactamines et bactériémies détectées est indiquée pour chaque patient Les patients de la première rangée ont généralement conservé une diversité avec peu de changements dans la composition; les patients de la deuxième rangée ont développé une domination intestinale par Enterococcus; les patients de la troisième rangée ont développé une domination intestinale par Streptococcus; et les patients de la quatrième rangée ont développé une domination avec Proteobacteria Note que le patient 58 dans la rangée supérieure a maintenu la diversité mais a développé la domination d’Enterococcus peu après l’administration de métronidazole Les complots de tous les 94 patients peuvent être trouvés dans le complot de Kaplan-Meier de domination un événement de survie Les réticules représentent des observations censurées La domination intestinale par les entérocoques, les streptocoques et les protéobactéries était fréquente et s’est produite à divers moments au cours de la période d’observation.

Figure 2

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Caractérisation du microbiote intestinal lors de la transplantation de cellules souches hématopoïétiques allogéniques A, Taxonomie de 12 patients sélectionnés au niveau du genre, relevée le jour de la greffe Chaque barre empilée représente la composition microbienne d’un seul échantillon fécal, basée sur la classification taxonomique. Interpolation et visualisation des changements d’abondance relative L’administration concomitante d’antibiotiques vancomycine, fluoroquinolones, métronidazole et bêta-lactamines et bactériémies détectées est indiquée pour chaque patient Les patients de la première rangée ont généralement conservé une diversité avec peu de changements dans la composition; les patients de la deuxième rangée ont développé une domination intestinale par Enterococcus; les patients de la troisième rangée ont développé une domination intestinale par Streptococcus; et les patients de la quatrième rangée ont développé une domination avec Proteobacteria Note que le patient 58 dans la rangée supérieure a maintenu la diversité mais a développé la domination d’Enterococcus peu après l’administration de métronidazole Les complots de tous les 94 patients peuvent être trouvés dans le complot de Kaplan-Meier de domination un événement de survie Les réticules représentent des observations censurées La domination intestinale par les entérocoques, les streptocoques et les protéobactéries était fréquente et s’est produite à divers moments au cours de la période d’observation.

Cependant, d’autres patients ont montré des changements marqués dans la composition, avec des transitions d’un microbiote relativement divers à un microbe plus simple avec moins de membres. Dans de nombreux cas, la composition microbienne était dominée par un seul taxon bactérien. Parmi ces patients, 92% avaient une expression détectable du gène vanA, suggérant que la présence de VRE Streptococcus était le genre dominant le plus fréquent, observé chez 35 372% des patients. Domination par le phylum Proteobacteria, qui comprend Enterobacteriaceae et d’autres bactéries aérobies. Des bactéries négatives ont été observées chez 12 128% des patients. Domination par ces bactéries à divers moments par rapport à la greffe Figure 2B La composition de tous les 94 patients est fournie Figure 3Le regroupement hiérarchique de la composition phylogénétique des 439 spécimens a démontré que les spécimens peuvent être catégorisés états spécifiques de la biodiversité ou faire Figure 3A, avec des spécimens riches en biodiversité plus fréquents pendant la période précédant la transplantation Les parcelles Circos ont démontré un grand nombre de transitions d’état à état Figure 3B-E Bien que la plupart des spécimens avant la transplantation soient restés biodiversifiés, les transitions vers les états dominants étaient plus fréquents entre l’échantillon pré-transplantation et le premier spécimen post-transplantation et intermédiaire entre les spécimens séquentiels post-transplantation

Figure 3View largeTélécharger la lameMicrobiota états et leurs transitions A, la classification hiérarchique de tous les échantillons de selles selon l’état du microbiote basé sur la classification phylogénétique Il y avait une grande variation dans la composition phylogénétique; certains spécimens présentaient une composition relativement riche en biodiversité, tandis que d’autres étaient largement dominés par un seul taxon bactérien. Circonscriptions de Circos représentant les transitions d’état du microbiote entre des spécimens consécutifs pendant la période d’observation Les sous-placettes de transitions spécifiques sont présentées dans C-EC, pré-transplantation des transitions révélant que les patients dans l’état de «biodiverse microbiote» ont tendance à rester dans cet état; la résilience de l’état « biodiversé », mesurée comme le pourcentage de spécimens consécutifs qui restent dans cet état, est de 77% D, la résilience de l’état « biodiverse » diminuant jusqu’à 35% pendant la période intra-transplantation des spécimens consécutifs chevauchant le jour de la cellule souche Infusion E, transitions post-transplantation avec la résilience de l’état «biodiverse» restant faible à 48% Figure 3Voir grandDownload slideMicrobiota états et leurs transitions A, classification hiérarchique de tous les échantillons fécaux selon l’état du microbiote basé sur la classification phylogénétique Il y avait une grande variation dans la composition phylogénétique ; certains spécimens présentaient une composition relativement riche en biodiversité, tandis que d’autres étaient largement dominés par un seul taxon bactérien. Circonscriptions de Circos représentant les transitions d’état du microbiote entre des spécimens consécutifs pendant la période d’observation Les sous-placettes de transitions spécifiques sont présentées dans C-EC, pré-transplantation des transitions révélant que les patients dans l’état de «biodiverse microbiote» ont tendance à rester dans cet état; la résilience de l’état « biodiversé », mesurée comme le pourcentage de spécimens consécutifs qui restent dans cet état, est de 77% D, la résilience de l’état « biodiverse » diminuant jusqu’à 35% pendant la période intra-transplantation des spécimens consécutifs chevauchant le jour de la cellule souche perfusion E, transitions post-transplantation avec la résilience de l’état «biodiverse» restant faible à 48%

Facteurs cliniques associés au développement de la domination intestinale

Les prédicteurs cliniques de la domination intestinale avec entérocoques, streptocoques et protéobactéries sont présentés au tableau 2 L’âge, le sexe, l’intensité du régime de conditionnement et la source de cellules souches n’étaient pas associés à la domination intestinale par les trois organismes évalués. risque de domination par Enterococcus

Tableau 2 Prédicteurs cliniques de la domestication intestinale Domination des entérocoques Domination des streptocoques Proteobactéries Domination Prédicteur HR 95% IC P HR 95% CI P HR 95% CI P Âge, années 100 98-104 790 099 97-103 681 100 95-105 978 Sexe des femmes 084 42 -164 611 107 50-227 852 112 33-378 854 Diagnostic sous-jacent leucémie vs autres 322 160-694 001 071 32-151 375 066 18-219 498 Antibiotiques antérieurs 14 joursa 149 77-294 237 103 48-217 945 131 39- 444 651 Régime de conditionnement myéloablatif ou intensité réduite vs non myéloablative 101 44-284 977 061 25-175 329 098 22-925 983 greffe appauvrie en lymphocytes T 081 40-161 551 091 39-200 812 107 29-362 910 Source de cellules souches cordon vs autre 122 55-252 607 054 19-134 196 136 36-469 633 Feverb 168 78-374 182 090 36-239 826 128 30-634 747 Antibiotiques b Vancomycine 212 67-1021 222 095 33-377 938 517 52-70715 192 Métronazole 338 165-673 001 194 81-430 131 173 41-603 426 Fluoroquinolonesc 109 49-224 832 119 51-260 677 009 00-75 020 Bêta-lactamde 164 74-399 232 169 62-564 319 123 27-750 800 Domination Enterococcus Streptococcus Domination Proteobacteria Domination Prédicteur HR 95% CI P HR 95% IC P HR 95% CI P Âge, années 100 98-104 790 099 97-103 681 100 95-105 978 Sexe féminin 084 42-164 611 107 50-227 852 112 33-378 854 Diagnostic sous-jacent leucémie vs autres 322 160-694 001 071 32-151 375 066 18-219 498 Antibiotiques antérieurs 14 joursa 149 77-294 237 103 48-217 945 131 39-444 651 Régime de conditionnement myéloablatif ou intensité réduite vs non myéloablative 101 44-284 977 061 25-175 329 098 22-925 983 Greffe déplétée de lymphocytes T 081 40-161 551 091 39-200 812 107 29-362 910 Cordon de source de cellules souches par rapport aux autres 122 55-252 607 054 19-134 196 136 36-469 633 Feverb 168 78-374 182 090 36 239 826 128 30-634 747 Antibiotiques b Vancomycine 212 67-1021 222 095 33-377 938 517 52-70715 192 Métronidazole 338 165-673 001 194 81-430 131 173 41-603 426 Fluoroquinolonesc 109 49-224 832 119 51-260 677 009 00-75 020 Bêta-lactamde 164 74-399 232 169 62-564 319 123 27-750 800 Abréviations: IC, intervalle de confiance; HR, hazard ratioa Défini comme l’administration de tout médicament antibactérien dans les 14 jours précédant la période d’observationb Analysé comme un prédicteur variable dans le temps Fluoroquinolones se composent de ciprofloxacine et de lévofloxacind bêta-lactamines comprennent céphalosporines, bêta-lactam-bêta-lactamases et carbapenemsView LargeAntibiotics, Le métronidazole a été associé à une multiplication par trois du risque de domination entérococcique. Le métronidazole a été administré pour diverses raisons, y compris le traitement de l’infection à Clostridium difficile. de 30 patients recevant du métronidazole La vancomycine, les fluoroquinolones et l’administration de bêta-lactamines n’ont pas augmenté le risque de domination. L’administration de fluoroquinolone a été associée à une diminution de 10 fois du risque de domination intestinale par les protéobactéries.

Association de Domination Intestinale à la Bactériémie

L’analyse de la domination intestinale comme prédicteur de l’infection sanguine est présentée au tableau 3. Les patients atteints de la maladie entérococcique présentaient un risque multiplié par 9 de bactériémie ERV, et la domination intestinale par les protéobactéries augmentait le risque de bactériémie par bacilles gram-négatifs aérobies 5 fois. Au cours du temps précédant l’infection sanguine, une infection entérococcique avec vanA détectable a été observée chez 8 des 9 patients atteints de bactériémie ERV, et une prévalence protéobactérienne a été observée chez 2 des 10 patients atteints de bactériémie Gram négatif. Au total, 11 des 22 la domination intestinale par un organisme correspondant; le temps médian entre la domination et la bactériémie chez ces patients était de 7 jours

Tableau 3Association de la domesticité intestinale avec la bactérémie Bactérémie à ERV Bactériémie à Gram négatif Dominant Taxonb HR 95% CI P HR 95% CI P Enterococcus 935 243-4544 001 135 25-508 690 Streptococcus 021 00-175 184 082 09-365 823 Protéobactéries 075 01 -614 837 546 103-1991 047 VRE Bactériémie Gram négatif Bactériémie dominant Taxonb HR 95% CI P HR 95% CI P Entérocoque 935 243-4544 001 135 25-508 690 Streptococcus 021 00-175 184 082 09-365 823 Protéobactéries 075 01-614 837 546 103-1991 047 Abréviations: IC, intervalle de confiance; HR, hazard ratio; ERV, Enterococcusa Bacteremia résistant à la vancomycine Bacteremia pour chaque organisme a été défini comme au moins une hémoculture positive dans la période d’étudeb La domination intestinale a été analysée comme un prédicteur variable dans le tempsView Large

DISCUSSION

e contribue aux changements microbiens dans le microbiote; Cependant, les effets indirects du traitement antibiotique résultant des interdépendances des taxons bactériens dans l’intestin sont également importants [37]. L’indice de diversité de Shannon était également plus faible chez les receveurs de métronidazole, reflétant sans doute notre association observée avec les entérocoques. Même si cette disparité peut refléter la capacité des bêta-lactamines à inhiber la croissance des entérocoques dans l’intestin, une autre explication est que les bêta-lactamines ont été administrées plus tard au cours de la transplantation, comme thérapie empirique pour les entérocoques. Nous avons constaté que les fluoroquinolones protègent contre la domination protéobactérienne, qui à son tour protège contre les infections sanguines gram-négatives. Cette découverte confirme les études antérieures sur la prophylaxie par les fluoroquinolones chez les patients atteints de neutropénie. neutropénique [38, 39] et donne un aperçu du mécanisme de protection La pratique courante de la prophylaxie aux fluoroquinolones dans la neutropénie a été controversée, en partie en raison de préoccupations concernant la résistance ou la perturbation du microbiote. [12, 37] Chez ces sujets, il n’y avait pas de conséquences cliniquement apparentes résultant de ces troubles microbiens. La prophylaxie par fluoroquinolone chez les patients subissant une allo-HSCT a des conséquences délétères reste incertaine. Les patients atteints de leucémie étaient plus susceptibles de développer une domination entérococcique que ceux avec d’autres maladies sous-jacentes. La raison de cette association n’est pas claire mais est probablement multifactorielle, incluant une plus grande exposition aux antibiotiques avant la transplantation, un conditionnement plus intense avant la greffe, et / ou une plus grande exposition aux ERV en conjonction avec un traitement antérieur de la leucémie. entre le L’étude a plusieurs limites Les échantillons ont été collectés avec une fréquence variable d’environ 1 semaine d’intervalle Ainsi, nos données microbiologiques peuvent être considérées comme censurées par intervalle puisque nous connaissons l’état du microbiote entre les échantillons successifs. Par exemple, des épisodes de domination, peut-être précédant certains épisodes d’infection sanguine, peuvent avoir eu lieu mais sont passés inaperçus Pour éviter cela, nous avons utilisé une définition de seuil de 30% pour la domination intestinale. , même si dans de nombreux cas l’abondance relative était beaucoup plus élevée Nous avons choisi cette limite principalement sur la base du regroupement résultant des états microbiens dans notre analyse hiérarchique, mais cette coupure a probablement amélioré l’identification des états de domination, étant donné la fréquence de collecte. des séquences 16S obtenues par échantillon était inférieure à celle de [37] Ainsi, la profondeur de couverture peut avoir été insuffisante pour déterminer si certains taxons bactériens rares étaient présents. Puisque nous nous sommes concentrés sur des microbes très abondants, nous nous attendons à ce que nos résultats ne soient pas affectés par un séquençage plus profond. était ≥98% dans 96% des échantillons de cette étude Bien que nos études soient limitées aux patients allo-HSCT dans un centre médical, nous soupçonnons que des changements de microbiote similaires se produisent également dans d’autres centres, et d’ailleurs dans d’autres populations de patients D’après des études antérieures, il est également probable que des perturbations du microbiote sont impliquées dans la pathogenèse d’autres complications de l’allo-HSCT, telles que la chimiothérapie cytotoxique pour les hémopathies malignes. en tant que telle, la maladie du greffon contre l’hôte de l’intestin et la diarrhée associée au C difficile [40-43] D’autres études sont nécessaires pour Notre étude démontre que la domination intestinale chez un sous-groupe de patients allo-HSCT précède l’infection sanguine par une médiane de 7 jours, ce qui suggère que la détermination de la composition du microbiote fécal peut identifier les patients les plus à risque de développer bactériémie Cette étude longitudinale fournit un exemple de comment l’analyse du microbiote intestinal peut être pertinente dans la maladie clinique Bien que les plates-formes actuelles de séquençage profond pour l’analyse du microbiote nécessitent beaucoup de temps pour la préparation, l’amplification, le séquençage et l’analyse des échantillons. Avec ces progrès, les analyses de microbiote telles que celles présentées dans notre étude guideront de plus en plus le traitement des populations pertinentes telles que les bénéficiaires de l’allo-HSCT.

Remarques

Soutien financier Cette étude a été soutenue par les subventions des Instituts nationaux de la santé 1K23 AI095398-01 à YT, DP2OD008440 à JBX, et 1RO1 AI42135 à EGP, le Centre Lucille Castori pour les microbes, Inflammation, et le cancer, et les conflits d’intérêt Tow FoundationPotential Tous auteurs: Aucun conflit signalé Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués